45歲的王菲曾有過兩段婚姻，1996年與中國大陸歌手竇唯結婚，1997年生下女兒竇靖童，兩人在音樂上互相激勵，專輯「唱遊」收錄由王菲作詞作曲、竇唯負責編曲的「童」，才1歲多的竇靖童也首度獻聲。1999年離婚，竇靖童撫養權歸王菲。
1999年底傳出王菲與小11歲的謝霆鋒相戀，香港媒體緊追不捨，2000年後才逐漸浮出檯面，王菲曾在媒體前大方牽起謝霆鋒的手離開，但這段姊弟戀後來還是以分手收場。
2004年傳出王菲與中國大陸演員李亞鵬交往消息，兩人在2005年7月登記結婚，2006年生下女兒李嫣，女兒罹患唇顎裂（兔唇），手術後恢復良好，李亞鵬和王菲之後則成立嫣然天使基金，為兔唇嬰兒提供協助。
王菲婚後淡出演藝圈，以家庭為重，專心照顧兩名女兒，直到2010年才在中國大陸中央電視台春節聯歡晚會演唱「傳奇」，正式宣告復出。
2013年9月13日王菲在微博表示，「這一世，夫妻緣盡至此，我還好，你也保重」；李亞鵬稍後也在微博寫，「愛你如初，很遺憾，放手，是我唯一所能為你做的。」宣告兩人結束8年婚姻，女兒李嫣歸李亞鵬。
各自嫁娶又離婚的王菲和謝霆鋒今天傳出舊情復燃，中國大陸搜狐娛樂公布跟拍兩人的錄影畫面，模糊鏡頭捕捉到兩人在家中親密互動，如同一般熱戀情侶，相擁、相吻、相依偎，「菲鋒戀」再度萌芽。