農委會林務局所屬的阿里山森林鐵路2013年和台鐵簽訂行政契約，委由台鐵來協助營運，不過有媒體報導，由於森林鐵路年年虧損，林務局支應虧損的「林務發展及造林基金」也即將用完，因此林務局希望台鐵全面接手、自負盈虧。
對此，台鐵局長鹿潔身3日表示，阿里山森鐵沿路山坡地容易受天候影響崩塌，維護困難，若真的要台鐵局全面接手經營，政府一定要補助，必須得先釐清財務規劃及資產轉移等問題後，台鐵才有可能談接手一事。鹿潔身：『(原音)包括未來預算要怎麼編，財務的問題怎麼延續下去，資產要怎麼移轉，這些議題要先釐清以後，我們台鐵才有可能去碰這個議題。』
台鐵局企劃處企研科科長劉傳彥進一步指出，森鐵年虧損約新台幣3億元，而台鐵本身也是虧損單位，在希望森鐵能夠永續經營的前提下，必須等到相關財務到位，台鐵才會可能接手森鐵。劉傳彥：『(原音)林務局他要交給我們的只有森林鐵路，如果單靠票現在的收入是無法支持森鐵的營運，所以我們的想法是森鐵跟附屬事業森林遊樂區一起經營，這樣才能讓森鐵永續經營下去。另外，我們認為森鐵的財務應該是獨立的，不應該虧損由台鐵負擔。』
台鐵強調，台鐵局是協助林務局經營阿里山森鐵，林務局不能硬要台鐵局全面接手，台鐵局自己都已虧損，不可能在沒有補貼機制下貿然接手森鐵，在雙方對財務及產權等議題還沒有共識前，台鐵仍是以協助經營的立場為主。