針對近期衛福部公告「LGBT+民眾醫療照護參考指引」。內文要求醫事人員要具備分辨性傾向、性認同、性行為之間的差別。台聯黨認為，醫學是本著生物學學理的學問，因生理構造、生理差異而必須施以不同治療，都是基於生理學的理由。而在衛福部所做的指引中，對醫療人員所做的要求，不但是在給醫療院所的醫護帶來混亂與困擾，也在偷渡混淆生理性別、加深性別刻板印象的價值觀。
台聯黨主席周倪安表示，綜觀「LGBT+民眾醫療照護參考指引」所見，衛福部要求要在病例單裡讓病患自由填寫自我認同的欄位，這一小動作可能導致醫事人員誤診。為了避免造成糾紛，醫療院所就要花上更多成本，在認同、性徵等文字遊戲上打轉，恐導致醫護過勞的問題更加嚴重。
除此之外，在「未成年雙性人之醫療手術共同性建議原則」的部分，衛福部列出「醫師遇需以醫療手術始能改善雙性或性別不明之未成年者可經專家評估後為之」。台聯黨質疑，此處的性別不明是什麼意思？在指引的第二節中，又寫到「性別」是指在特定文化中與一個人的生理性別相關聯的態度、感受和行為；符合文化期望的行為被稱為「性別常規」；不符合這些期望的行為被稱為「非性別常規」。這代表當一個男生想穿裙子、女生想替平頭，都可能被劃入「性別不明」的範疇中。衛服部此次規範並非只針對間性人與傳統觀念上的跨性別，此指引有偷換概念、擴大解釋的疑慮。
如果沒有將性別的定義基於生理事實，就貿然開放心智能力尚不周全的未成年人以生理性別理由而啟動變性手術，此指引恐造成社會、家長恐慌。台聯黨並不認同此政策方向。
衛福部一方面說這是「沒有要推」的政策，一方面又讓指引成為醫療糾紛發生時的依據。台聯黨呼籲，衛福部不應輕信部分擾亂性別秩序作為話語權提款機的團體，而做出這種違背常理的醫療指引，而應回歸正道才是。