《財劃法》修正案引起朝野大戰，而行政院長卓榮泰21日在花蓮時表示「財劃法修正案通過後，未來天災來臨，地方政府要自己勇敢面對！」此話一出也引起極大爭議。對此，卓榮泰本人於深夜再度還原了自己所說的話，並表示「如果有所誤解容許我再說明一次； 如果要斷章取義也請看清楚再下筆」。
立法院會20日三讀通過修正財政收支劃分法部分條文，隔日行政院長卓榮泰赴花蓮視察時表示，「未來颱風、地震等天災來臨，國庫變成空虛、行政院沒有任何能力，那地方政府要自己勇敢地去面對」此話一出也引起極大爭議，藍營便怒轟「這是在對地方政府進行情緒勒索！」。
卓榮泰則深夜於臉書發文，表示「如果有所誤解容許我再說明一次；如果要斷章取義也請看清楚再下筆」：（全文如下）
過去遭逢天災，中央政府對每個縣市，都是用心、快速、積極、有效的幫忙解決問題，正如在「0403花蓮震災」後中央在一個月內便編列超過285億元的經費給予花蓮即時協助，以及觀光及產業振興經費、原民慰問補助、增加航班獎助等，都是如此。但是在新的《財政收支劃分法》下，中央政府的國庫會變得空虛，恐怕沒有能力到各個地方去，地震來臨地方政府必須勇敢面對、跨縣市跨年度的重大計畫恐難因應各種建設勢必要中途停擺，我極端不願意這樣的事情發生。
我也希望社會各界能夠冷靜理智地思考，昨天的結果對國家發展的影響，我們還有沒有能力和機會來做補救和挽回？我們不氣餒絕不失去對國家人民的承諾和目標，會匯集更大的民主力量，來改變民主的缺失；從憲政秩序中，來恢復憲政的體質。
我希望五院不要失衡中央地方不要斷層人民的公民權能夠得到完整的保障。從明天開始，我們會持續導回正軌，讓國家持續向前走。像今天一樣，中央地方政府的合作能夠延續，對人民各種福利的照顧不會改變。在極端困難的狀況下，我們會找到走下去的方式，也期盼國人能夠共同理解、體會、面對。