近日外界關注2021年10月台大醫院「以心電圖篩檢早期偵測BNT新冠肺炎疫苗引起的心肌炎」研究提案一事，疾管署周一（23日）發布新聞稿澄清說明表示，有關外界所謂「遭指揮中心防疫專家反對、指揮官也不認同」係屬誤解，該研究提案於該日記者會記者提問後，經台大醫院醫師來訊、北市來函說明台大醫院研究提案內容後，指揮中心即回復同意台北市及台大醫院執行此案。
疾管署說明指出，2021年10月9日嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心（下稱:指揮中心）記者會，有記者提問此事並露出後，疾管署即收到台大醫院主持此案醫師主動來訊說明並非接種前例行以心電圖篩檢，而是在接種第二劑後以心電圖早期找出心肌炎個案，並說明該研究提案當時已在進行人體研究倫理審查，審查通過後將以公文請台北市衛生局報指揮中心同意後才會執行。
疾管署進一步說明指出，2021年10月20日指揮中心收到台北市嚴重特殊傳染性肺炎流行疫情指揮中心就上述研究提案來函，指揮中心亦已於2021年11月4日回復北市敬悉此案（即同意備查），並同時副知台大醫院。
疾管署並指，心肌炎為接種新冠疫苗後罕見的不良反應，疾管署2023年公開發表於「微免與感染期刊」的資料顯示，新冠疫苗後心肌炎以12-17歲男性接種第二劑BNT疫苗發生率最高，為百萬分之126.79，與國際間報告之萬分之一發生率相近。