小琉球每年吸引大量遊客前往，多數遊客皆搭乘船隻往返東港碼頭及小琉球碼頭。然而，小琉球航線易受天候影響，尤其在東北季風期間，經常發生停航或延航的情況。22日就因海象不佳緊急停航，導致許多欲返航的遊客滯留小琉球碼頭。碼頭一度擠滿人潮，場面十分混亂。而東琉、鹽琉線各船運公司也宣布，海象惡劣今23日全天停航。
昨天下午海象稍有好轉，航線才陸續復航。船公司也加開船班以疏運旅客，但受海象影響，航程時間從原本的25分鐘拉長至約50分鐘。
但隨著東北季風增強，海象再度轉差。晚間6時許，包含東琉線聯營處、泰富航運、藍白航運、公船琉興公司，以及鹽琉線大福航運等船公司，紛紛宣布因受外圍環流影響，海象惡劣、豪雨及風浪過大，視線不佳且港口出現西南湧浪，9月23日全天停航。
受到停航影響，預估至少上千名旅客滯留小琉球及東港碼頭，多數旅客被迫更改行程或是就地尋找住宿。船公司表示，會持續關注海象變化，待海象回穩後即會恢復航線，並提供旅客最新航班資訊，以減少旅客受到的影響。