就任近4個月的賴清德總統，對日工作及關係經營，除倚重綠營大老邱義仁外，2024能登總統大位備受倚重的國安諮委馬永成也是核心。如同絕大多數民進黨人，賴對日本也有深厚情感，只不過，賴當選總統前，包括代表台灣赴日向遇刺身亡的前首相安倍晉三弔喪行程，及之後在總統大選時，發言不慎碰觸日本敏感神經等，均曾發生過激狀況；相較日本傳統選舉政治人物，外務省文官系統私底下對賴並非完全放心，仍心有餘悸。
赴日哀悼安倍晉三 突發行程驚擾台日高層
據了解，賴清德最讓日本外務系統在意的，便是前年安倍晉三遇刺後，賴到日本的弔喪行程。對於讓具有副總統身分的賴清德突破「默契」赴日，一向在意中國反應的日本文官系統產生強大疑義及保留態度，但在安倍家族期盼壓力下，岸田內閣還是在賴出發前的清晨發出了簽證。
賴清德與安倍家族有私交，日方在壓力下才同意賴前往哀悼。（取自岸信夫臉書）
知情者說，當時賴清德僅帶1位幕僚隨行，原本是台日兩造的默契，但賴到日本後，出席2個追悼祭拜活動後，臨時又提出要出席中國駐日大使也會同場出席第3個追悼活動，讓日方非常頭大，此舉也驚動台日雙方高層，後來經過一番折衝，才做成中日台三方都勉能接受的安排。
賴清德赴日本弔唁安倍晉三，在增上寺上香。（美聯社）
總統大選倡議台日軍事合作 觸碰日方敏感神經
去年總統大選期間，賴清德出席日本東亞情勢研究會理事長江口克彥舉辦的「台日建構世界和平共同體」研討會時，公開倡議台日應建立軍事對話機制，讓台日國防力量有更進一步的合作，又碰觸到日方敏感神經。日本近年防衛預算大增，但受限非戰憲法，日本雖擁有戰力強大的自衛隊，但仍不能稱為「軍隊」，賴公開倡議台日國防合作及「軍事」對話，不禁驚動日方透過管道委婉提醒，此番說法不僅徒增困擾，實則更將壞事。
賴清德出席日本東亞情勢研究會舉辦的「台日建構世界和平共同體」研討會時，倡議台日應建立軍事對話機制，讓日方感到困擾。（取自賴清德臉書）
熟悉台日關係者直言，日本雖是選舉政治，但國家運作仍依靠強大文官體制，雖然世界情勢巨變，所謂現狀早被中國改變，但對日本外交文官系統而言，當然還是希望「維持現狀」，台灣就扮演好該扮演的角色，不要突生變故，破壞本就不易維持的穩定。
總統府發言人郭雅慧7日回應，賴清德總統當時是以至親摯友身分獲邀專車直入會場，只要參考當時國內外媒體報導，即可了解相關行程均經過台日雙方審慎安排，並不存在突發等狀況。（責任編輯：殷偵維）