埃文·卡拉威Ewen Callaway發表在最新一期《自然》(Nature)的<你是你吃的東西嗎？有史以來最大的食品微生物目錄被發現>( Are you what you eat? Biggest-ever catalogue of food microbes finds out)指出，泡菜等發酵食品中的細菌和真菌也存在於人類微生物組中。(Bacteria and fungi in fermented favourites like kimchi are also present in the human microbiome.)
有史以來最大的食品中細菌、真菌和其他微生物的概要
你吃什麼就是什麼——至少在微生物組方面是如此。來自 2,500 多種起司、肉類和其他食物的微生物目錄表明，每個人的微生物組中有一小部分來自他們所吃的食物。研究是有史以來最大的食品中細菌、真菌和其他微生物的概要。
有些微生物是發酵食品的重要成分－從薩拉米香腸到酸菜，從泡菜到克菲爾。義大利特倫託大學微生物學家Nicola Segata 表示，發酵和未發酵食品中的其他微生物可能對其味道和其他特性（例如腐敗速度）很重要，他是這項研究的共同領導者，該研究於8月29 日發表在《細胞》雜誌。
發酵食品，對近 2,000 種食物中的微生物 DNA 進行了測序
Segata 和他的同事對近 2,000 種食物中的微生物 DNA 進行了測序，並將這些數據與近 600 種現有食物微生物組進行了比較。大多數食物都是發酵的——Segata 肯定包括了他最喜歡的戈貢佐拉起司樣本——但這項研究還包括新鮮的肉、魚、水果和蔬菜。
相似的食物往往含有相似的微生物，儘管仔細觀察會發現一些有趣的模式。包括乳桿菌在內的乳酸產生菌在乳製品中尤其普遍，但其組成各不相同。例如，荷蘭藍紋乳酪含有與義大利芳蒂娜和馬蘇里拉起司不同的乳酸菌。來自咖啡、康普茶和普洱（一種來自中國雲南的發酵茶）的微生物與酒精飲料中的微生物相似。
幾乎每項微生物組研究都會發現以前從未見過的生物體，這次也不例外。研究人員發現的微生物中約有一半是新的。普爾克（Pulque）——一種在墨西哥飲用的酸龍舌蘭酒——富含這種微生物暗物質，非洲棕櫚酒和起司鹽水也是如此。
微生物重疊
當研究人員將食物微生物組與人類腸道和口腔中的數千個微生物組進行比較時，他們發現了一定程度的重疊。成人腸道中約 3%、兒童腸道中約 8% 以及新生兒腸道中超過 50% 的微生物種類也在食物中被發現。塞加塔說，這並不一定意味著這些微生物都來自人們吃的食物：這種重疊也可能反映了過去食物微生物在人們腸道中定居並開始在人類之間循環的情況。新生兒微生物群中的食物微生物往往與乳製品有關，但也存在於母乳中。
馬薩諸塞州梅德福市塔夫茨大學的微生物學家本傑明·沃爾夫說，這些發現並不特別令人驚訝。但這項研究為詳細研究為什麼各種微生物——以及微生物群落——是特定的食物奠定了基礎。他也對我們吃的東西中所有未知的微生物很感興趣。沃爾夫說，開採這些物質可能會產生具有新特性的新型食物。