據台灣海巡署證實，「大進滿88號」事發時確實位於中國水域內，超出海巡署雷達可偵蒐範圍，且非屬海巡署常態執法及護漁水域。目前已知漁船上共有5人，包括2名台灣籍、3名印尼籍人員。
漁業署長張致盛指出，事發海域平常就是兩岸漁民共同作業的地方，該處並非只有這一艘台灣漁船。他強調，兩岸之間其實有許多重複作業的海域，希望雙方務實處理此事，盡快讓漁船獲得釋放。
對於中國扣押台灣漁船的舉動，國台辦稱此為「正常執法」，有關部門將依法依規予以處置。台灣方面則透過海巡署呼籲中國盡速釋放人、船，並說明強行登檢的原因。
張致盛表示，政府將透過陸委會循兩岸管道與中國交涉。他也呼籲，在中國伏季休漁期間，台灣漁民應避免前往中國水域作業，以免發生類似事件。此事凸顯台海兩岸在海上執法及漁業作業權益上仍有待持續溝通與協調，以維護漁民權益。