立法院於7月3日召開交通委員會、司法及法制委員會聯席會議，正式討論並通過成立「鏡電視申設及後續弊案爭議調查專案小組」，同時通過小組運作要點。國民黨立委吳宗憲在會中獲推舉為召集人。
民進黨立委在會議一開始就輪番上台批評程序不正義。司法及法制委員會召委鍾佳濱指出，依照《立法院各委員會組織法》規定，委員會聯席審查需院會交付，或由召集委員報請院會決定與其他有關委員會開聯席會議。但他表示沒有收到院會的交付，質疑此次聯席會議「完全不合法」。民進黨團最後集體退席以示抗議。
對於民進黨的質疑，交通委員會召委陳雪生回應，新修正的《立法院職權行使法》並沒有規定調查小組不得以聯席會議處理。他強調，修法前的調閱小組也沒有聯席會或報請院會的前例。
吳宗憲在會後受訪時表示，他是查案出身，如何查案有一套邏輯。他強調不見得一定查出有問題，也可能查到最後是沒問題的。他的立場是看每個證據，若有證據對NCC有利，也不會說NCC有問題。
鏡電視則發出聲明，批評立法院短時間針對一家媒體成立3種調查組織，是史上僅見、侵害新聞自由。他們表示申設過程受到主管機關最嚴格審查，是史上申設時間最長，受到最多不平等附款要求之電視台。
鏡電視坦言，申設以來因部分初始股東紛爭，導致少數政治人物不察誤信而受零元股東煽惑，產生今日之紛擾，公司至表遺憾。他們強調鏡電視是最大受害者，無法改變此事實。
調查小組運作期間將從7月3日起到12月31日，會議召開時得邀請機關首長列席說明，受邀者非有正當理由不得拒絕出席。若依法行使調查權舉行聽證會，可能為鏡電視案帶來新的進展。國民黨團總召傅崐萁也預告，8日會針對超思進口蛋案、聯合再生光電案有相關動作。