蘇花改中仁隧道於2022年，因颱風帶來的豪大雨造成隧道積水，自去年（2023年）9月開始施工，已完成北上隧道的排水改善，原計劃於7月封閉南下隧道至9月底進行排水道開挖。但由於地震後舊蘇花線經常坍崩，考量暑假通行需求，公路局決定調整施工時序，預計於7月4日暫時恢復通行，改善工程預計於今年12月完成。
中仁隧道2年前因颱風下起豪大雨湧水，超出隧道排水設施負荷，造成隧道積水，因此公路局施作排水箱涵、重新刨鋪路面等，並採北上、南下隧道依序施作。
公路局東區養護工程分局指出，蘇花改中仁隧道南下隧道路基排水改善工程考量暑假期間的用路需求，將在隧道內進行排水管涵開挖作業，施工期間將調整交通管制措施。原本計劃7月1日至9月30日全時段封閉，但因地震後舊蘇花公路邊坡不穩，頻繁出現落石及土石流，影響用路人安全。
特別是6月29日晚間，台9丁線61.2公里處，亦即和中至崇德路段發生坍方落石及土石泥流造成雙向中斷，公路局緊急開放中仁隧道南下線引導受困人車撤離。針對道路坍方，許多用路人抱怨舊蘇花因為震後常中斷，蘇花改中仁隧道南下又施工封閉，花蓮人無路可走。因此，中仁隧道才於7月4日暫時開放通行。
公路局說明，蘇花改中仁隧道排水改善工程包括路基排水工程、隧道內涵管開挖、排水箱涵施工及重新刨鋪路面等項目。北上隧道的排水改善已於去年完成，南下隧道的改善工程，則會於暑假結束後再視情況進行封閉施工，整體工程預計於年底前完成。
此外，蘇花公路下清水橋因強震受損，公路局也表示目前正進行修復，並實施交通管制，開放部分時段通行，預計年底完成修復。隧道和橋梁的修復和改善工程旨在提升通行安全，保障用路人的順暢通行。