進口雞蛋爭議持續延燒，先爆出超思進口蛋短差、取得進口雞蛋輸入許可的是亮采，農業部次長杜文珍表示「調查過程政風沒有發現任何的問題」，但26日調查報告遭披露後，則改口稱畜產會涉及行政瑕疵，不得補助超過採購金額一半以上。
針對「冷鏈倉儲是否存有行政問題」，農業部畜牧司指出，已於3月主動啟動調查，在行政調查報告中指出，根據政府採購法規定，生鮮雞蛋並不適用採購法，但其中冷藏倉儲租金及運費，如未經過採購法程序，畜產會所獲補助不得超過採購金額半數以上。
農業部表示，畜產會於2022年辦理雞蛋進口的冷藏倉儲租金和運費，未依採購法辦理，屬行政疏失，因此向畜產會主動追回超過50%的補助款項。雞蛋緊急調度與產銷調節計畫中的冷藏倉儲租金和運費，原核定金額共約1460萬元，但實際核銷金額約723萬元，因此會向畜產會追回共368.8萬元。
事實上，調查報告早於4月1月出爐，報告當時建議農業部應追回補助款項，農業部卻一直到立委質疑、媒體報導後才宣布將追回補助款。
外界質疑該採購案是否與時任董事長的林聰賢是否相關？農業部部長陳駿季27日表示，採購是執行雞蛋採購細節，但究竟是什麼樣關係、無法確認關聯性，已移送至檢調單位，相信檢調一定會釐清
至於超思資本額僅50萬元部分，陳駿季強調，當時買雞蛋有緊急性、急迫性及必需性，超思有能力買蛋、提供蛋，資本額不是農業部關切。
針對超思進口巴西蛋爭議，立委及民代向台北地檢署告發農業部前部長陳吉仲、中央畜產會前董事長林聰賢、農業部長陳駿季、畜牧司前司長張經緯、副司長李宜謙等5位官員，可是事發至今超過9個月，均尚未約談相關人到案說明。北檢則表示，已收到農業部調查報告，指派檢肅黑金專股檢察官分「他字案」蒐證調查中，目前沒有具體的罪名及被告。
最讓人詬病的是，畜產會每年獲得農業部巨額補助，但拿錢卻不受監督，畜產會出現行政疏失，農業部顯然脫離不了干係。過去2年缺蛋或是現今雞蛋過剩，顯是生產預測機制是失衡，農業部更難辭其咎。