前總統陳水扁特赦案因「內閣已總辭，無法完成特赦」喊停，總統府明確表示，「實際上相關程序都必須依法進行，也無此決定，唯我們最關切的是持續確保陳前總統獲得妥善的健康照顧。」據了解，阿扁獲悉後心情大受影響，並已取消16日下午原本要到高雄出席1場畫展開幕活動。
陳水扁回覆媒體記者時，直接引用台灣民意基金會董事長游盈隆的說法，「內閣已總辭，無法完成特赦」，這種說法漏洞百出，太牽強、太可笑。他在臉書貼出一張長輩圖，寫下「先來慢到攏相仝，新一代的台灣人，夢已經振動，奮鬥毋通放。」
法務部證實，到目前為止，尚未收到正式來自於行政院令轉有關特赦的相關研議公文。
準總統賴清德主張赦扁，府院黨幕僚日前研議赦扁案，規畫採「免刑不免罪」，因扁的罪仍存在，且還有4案停審中，總統特赦無法擴及未判決的案件。
依照《赦免法》，總統若發出特赦命令，行政院依令辦理即可。總統特赦令必須由行政院及法務部副署及完成後續程序，內閣16日總辭到19日任期結束，政院不再核定重大政策。
據悉，赦扁主要生變原因是府、扁兩方對「部分特赦」及對被扣的錢處理方式無法有共識，扁盼無罪特赦，但府方無法接受變。
陳水扁民間醫療小組主治醫師陳順勝主張520前無罪特赦陳水扁，他發起連署，強調讓藍綠和解，永遠終止爭議，不管是蔡英文或準總統賴清德都可以做。
「難道就是這樣的結束？」台灣民意基金會董事長游盈隆臉書發文指出，以「內閣已總辭，無法完成特赦陳前總統」，這種說法太牽強、太可笑、太法匠了。因為，一來，陳內閣雖總辭，但總統沒批准前，仍未生效；二來，總統權力行使不受週休二日影響，若真心特赦，時間還多的很。「髮夾彎重現江湖，看來所言非虛。」
扁子陳致中回應外界的疑問，「陳家鄭重重申2009年開庭對外的承諾，性質為選舉結餘款之海外帳戶資產絕非不法所得，不可能認罪表態，惟本於取之於社會、用之於社會的信念，若最終陳家可自由決定款項用途，願全數作為國家社會公益使用」，此一承諾從無改變，特此聲明、以昭公信。