金管會是一個很特殊的機構，係依據「金融監督管理委員會組織法」成立的政府機關，依該法第六條第一、二項及第七條第二項規定，金管會另訂「金融監督管理委員會監理年費檢查費計繳標準及規費收取辦法」。該辦法第二條「金融監督管理委員會辦理金融監督、管理及檢查業務，依本辦法規定向受監理機構及由金管會核發證照之專業人員收取規費。第三條再明訂第二條所稱的規費，指特許費、監理年費、檢查費、審查費、執照費及其他規費。
這些收入則成為金管會轄下金融監督管理基金中除了政府循預算程序撥款之外的最主要財源，雖然金融監督管理基金之收支、保管及運用辦法，由行政院定之，但根據金融監督管理基金支出用途規範中，竟然有一項「行政院核定給與本會及所屬機關人員之特別津貼」，這也難怪容易讓業者衍生金管會收取業者的檢查費、檢查時，再依缺失情節輕重裁罰業者罰款，然後變成金管會所屬人員的特別津貼的不當聯想。
此外，該辦法第十一條「金管會向受檢機構收取之檢查費標準，以實際辦理檢查人天數計收檢查費。 金管會金融檢查人員辦理金融檢查，除由公務預算支應外，每一檢查人天以新臺幣一千五百元計收檢查費。依目前金檢的實況，就有業者調侃形容有如業者付錢請金檢來找麻煩、挑毛病。
根據業者反映，金檢在很多地方似乎都沒有符合比例原則，像對超大金融機構，以及業務單純、分支機構不多的專業金融業，查核力度沒有明顯區隔，金檢人員、金檢日程幾乎沒有什麼差別。小型金融業者，除了要和大型機構支付一樣的檢查費之外，由於業務量規模、市佔率相對較小，財、業務狀況很快就被金檢人員看完了，到金檢的後段，更容易遇到為檢查而檢查的情形。導致業者面對金檢人員，好似不挖出缺失就不善罷甘休的心態無不膽顫心驚、如履薄冰。
對照整體金檢的過程，先由檢查局扮演檢察官的角色，到金融業者處翻箱倒櫃的檢查缺失，然後將缺失內容彙報給銀行局、保險局、證期局等部門，再由這三個部門扮演法官的角色，針對金融業者的缺失情形進行裁罰。整個制度看似經過精心設計，疑刻意規避「警察兼法官」的惡名。就有業者私下感嘆，這種金檢流程有如金檢人員出門跑腿收規費、再由相關部門揮大刀向業者裁罰，為自家人謀福利！儼然有如另類的「自肥」，苦的只是被層層剝皮的業者。
尤其，近年來金檢，動不動就對洗錢防制進行嚴厲的裁罰，令業者心生恐懼與怨懟。業者表示，先前為了因應APG第三輪評鑑，金融業者配合政府政策，投入大量的人力、物力，協助我國在2019年取得APG第三輪評鑑結果為最佳之「一般追蹤等級 (regular follow-up) 」成績。然而就因APG對我國過往對洗錢防制的裁罰不夠重有些意見之下，金管會沒有因APG第三輪評鑑獲得超乎預料的好成績，給業者一點喘息的空間，反而於金檢時對業者更加的刻薄、嚴厲，甚至連不定期發表的NRA（國家風險評做報告）內容，沒有立馬在企業風險評做報告對映調整，就要記予洗防的缺失，裁罰起跳點是50萬元。中小型金融機構早就怨聲載道。
值此卓內閣即將上任，金融業界也無不翹首企盼未來的金管會主委不再「黃規彭隨」，一改過往金檢予人「矯枉過正」、「為處罰而處罰」的負面印象。能多傾聽業界的聲音，以符合各界的期待，除了要能承先啟後之外，更要能帶領金管會創造一番令人耳目一新的新氣象，同時降低衙門的僚氣，多為金融業興利除弊，不要再把業者當成像防小偷一般，凡事嚴格看管的金融監理環境。