擔任潛艦國造小組召集人、國安會諮委黃曙光16日晚間請辭，國防部長邱國正今天（17日）在立法院表示，肯定黃曙光做人做事相當盡職，對於請辭的心情也感同身受，相信黃曙光做了一番努力去調適；邱國正強調，黃曙光請辭並不會影響潛艦小組的工作，潛艦國造是國防部的責任，一定會參與，國防部對於潛艦國造的專案管理不會假手他人；小組不會解編，因為這是專案研究，且潛艦是重大工作，有些成員也是現役，可以恆久工作，不會因個人改變，團隊就出問題。
立法院外交及國防委員會17日邀請國防部長邱國正進行「潛艦國造建案沿革及目前進度」機密會議並備質詢。會前媒體關心黃曙光請辭潛艦國造專案召集人，是否影響潛艦國造整體工作？邱國正表示，還要進一步評估，他作為團隊一員並非一人主導，黃曙光跟團隊的方向跟步調都取得一致，至於心理上受影響還有待評估，但對工作推動不至於是太大阻礙。邱國正補充，關於未來潛艦案主導權，國防部是建軍備戰單位，海軍有專案管理，就歸國防部，因為用還是國軍在用。
針對後續製造潛艦價格昂貴，是否有人放消息？邱國正回應，他不這樣認為，今天報告就是要釐清，不能講得太清楚，因為總是個估計，容易讓大家覺得本來多少錢，一平均就把價格拉高。台灣是民主自由社會，大家各自表述，國防部就一一說明。
外傳總統府與國安會將設立「先進國防事務辦公室」，繼續推動潛艦後續艦打造與推動新一代武器建構，邱國正對此表示，自己並不知道，也從未聽說過。
至於是否是顧立雄接任，邱國正強調，「我不知道，我真的不知道。」媒體也問及，顧立雄是否了解潛艦國造工作，邱國正說明，國安會秘書長多少有涉略，但自己不是很清楚，因為開會時，是部裡面跟專案小組開會，尤其沒有什麼交接。