1994年啟用，有30年歷史的甲仙化石館，因為年久失修有漏水問題，去年高雄市甲仙區公所向文化部爭取總共900萬元經費，進行館內漏水修繕以及化石盤點整理，目前化石館暫停營業，經過盤點後，需要整飭的化石有1782顆。 放在展示櫃的化石，每一顆都要小心翼翼取出來，比對是不是符合資料記載的內容，等確定沒有問題後，文物整飭員會將化石帶走，進行數位化的整理。 文物整飭員 陳錦芳：「目前數量總共是1782顆化石，我們會再做整理，然後會做尺寸以及重量的丈量，那方便之後化石館，他們要去做展覽規畫的時候，可以不用去直接找那一顆化石出來，我們可以直接調閱資料，然後大概去做、先做一個規畫。」 整飭團隊表示館內化石的整理，預估會在今年5月完成，化石如果太大不方便移動，相關人員會在現地進行拍照記錄等工作，等化石整理結束後，會再進行化石館的防水工程。 甲仙區公所主任祕書 劉文甲：「我們目前最困難的部分，可能就是專業人力的不足，因為文物化石的部分，牽涉到專業知識和保存的方式，再來就是經費，經費不足，因為公所的經費有限，所以對經費的挹注，對我們來說比較困難一些。」 區公所表示，目前化石館一年門票收入約在20萬元，不過館內2個固定人事薪水和水電費就要160萬元，想要真正運作一間化石館，光靠公所的現有財源有困難，這也讓甲仙化石館未來的營運有很大的變數。