繼金門海域19日上午出現大陸海警船後，馬祖海域22日下午也出現2艘海警船及1艘海監船，其中1艘海警船距離馬祖南竿島一度僅約5.5海里。對此，海巡署指出，確有大陸執法船隻出現在馬祖海域，但全在限制海域外，「馬祖地區狀況一切正常」
根據中國港口網船舶追蹤資訊，22日下午，3艘大陸執法船隻分別在馬祖南竿島東方、西方及西南方海域出沒。全長90公尺、1500噸級號稱福建省海監旗艦的「海監8001船」在南竿西方出沒。下午3時50分，「海監8001船」出現在南竿島西方約5.75海里的海面上。「海監8001船」是由「中國海警2115號」改裝而成，屬省級海監船。
另2艘執法船為全長69公尺的「海警14509船」及全長44公尺的「海警14522船」，分別出現在南竿東方及西南方海域。下午5時30分左右，「海警14509船」位置距離南竿東南方僅約5.5海里。
海巡署表示，馬祖地區狀況一切正常，確實有大陸執法船隻在馬祖海域活動，不過皆在限制水域外。而台灣離島周邊海域外圍，時常有不少大陸船隻，如果數量與往常一樣，就是沒有異常狀況，呼籲民眾切勿過於緊張。
由於陸籍快艇翻覆釀2死意外持續發酵，金門、馬祖水域兩岸的海巡、海警的情勢升溫，美國國務院20日表示，美國正在密切關注北京的行動，敦促各方克制，不要片面改變台海現狀。
此外，陸方指控海巡「粗暴」對待，21日國台辦再發聲明，要求盡快公布真相，嚴懲相關人員，給罹難家屬及兩岸同胞一個交代。
國台辦新聞發言人朱鳳蓮表示，台灣方面稱海巡人員「執法」過程並無不當，企圖掩飾其暴力行徑。在兩岸同胞和罹難者家屬強烈要求下，台灣才承認是因台海巡艦衝撞導致大陸漁船翻覆、人員傷亡，但仍以各種理由推諉塞責，對事件真相遮遮掩掩。
離譜的是，事發後，海巡署一路遮掩，不願公布真相，金門地檢署證實，執法過程無錄影蒐證，因碰撞翻覆釀禍，海巡署才承認「船身多次接觸」，還辯稱沒有錄影不影響事實真相。
海巡署始終避重較輕，直到沒有錄影蒐證的事實被揭穿，讓兩岸原本薄弱的互信基礎崩裂，海委會主委管碧玲還瞎扯第三責任險，顯示海巡署未依規範執勤，從上到下螺絲鬆了，更企圖掩飾真相，兩岸若擦槍走火，引發衝突，海巡署難咎其辭。