臺灣C型肝炎(以下稱C肝)是僅次於B型肝炎(以下稱B肝)造成慢性肝炎、肝硬化與肝癌的最主要原因，為加強C肝的防治，衛生福利部於2018年訂定「國家消除C肝政策綱領(2018-2025)」，設定「以治療引領預防」、「以篩檢支持治療」、「以預防鞏固成效」的政策方向，希望能呼應世界衛生組織(WHO)提早消除病毒性肝炎的計畫性目標。
中央健康保險署自2003年10月起開始推動C肝治療計畫，並實施C肝感染者醫療給付方案，使近8萬人以干擾素治療成功，且自2017年起健保開始提供C肝病人免費C肝全口服新藥治療，截至今(2023)年8月止，共治療15.7萬人，平均治療成功率達到98.4%。
加強B、C型肝炎篩檢
為篩出慢性C肝病人，國民健康署自2011年8月開始提供民國55年次(含)且滿45歲的民眾終身1 次接受B、C 肝免費篩檢的服務，且自2020年9月起開始擴大篩檢年齡為45-79歲(原住民為40-79歲)，只要符合篩檢資格的民眾，進到成人預防保健特約醫療院所，都可接受C肝篩檢，截至今年8月止，累計曾經篩檢(包括非成健篩檢管道)人數超過540萬人。
WHO治療率的目標是至少72%慢性C肝病人需被治療，推估臺灣2025年的治療目標數約為23.7萬人，扣除目前估計已治療之目標族群約18.9萬人，預估再治療約4.8萬人，即可達到WHO的目標。
臺灣C型肝炎根除地圖
台灣肝臟學術文教基金會與國民健康署、台灣消化系醫學會、台灣肝臟研究學會等合作建立一個線上數位生態系統「臺灣C型肝炎根除地圖」網站(網址:https://www.taiwan-hcv-elimination.org/)，該網站由中山大學醫學院余明隆副校長主持，為臺灣醫療專業人員、政策制定者和公眾建制了一個清晰的模式，提供臺灣最新的C肝根除數據，同時提升民眾對C肝的知識；除此之外，該網站致力於接軌國際，分享臺灣的策略、經驗和成果，不僅是臺灣實現C肝根除目標的關鍵工具，也為其他國家提供了成功的C肝防治範本，更展現了臺灣在國際衛生舞臺上的承諾和領導地位。
國民健康署期待在各界共同努力下，積極擴大C肝篩檢涵蓋率，及早找出C肝病人進行治療。吳昭軍署長呼籲國人，如符合C肝篩檢資格者，請主動接受篩檢；篩檢C肝抗體陽性者，請進一步接受C肝病毒檢測；如C肝病毒檢測陽性，請積極接受治療，以降低未來發生慢性肝炎、肝硬化及肝癌風險。