台北市1999市民當家熱線提供民眾即時反應市政問題，市議員應曉薇30日質詢時指出，有人利用1999惡意檢舉與報復，研考會雖有要求實名制，卻未落實，導致屢屢出現不具名、非事實案件，造成市府同仁疲於奔命，白忙一場，浪費行政資源更造成公務人員負擔。市長蔣萬安承諾重新檢討檢舉機制，並要求北市法務局研議惡意檢舉罰則。
應曉薇在市政總質詢時指出，1999立意良善，在雙城論壇甚至亞洲地區皆備受讚賞，可是1999已淪為惡意檢舉與報復的工具，有時單一局處檢舉不成，改為輪流向各單位檢舉，浪費行政資源，更造成公務人員負擔
應曉薇表示，有人打1999檢舉噪音，研考會下令交給環保局調查，結果環保局查不到噪音，最後白忙一場，半年來層出不窮。應質疑，沒有具體檢舉人，就是不能查，結果1999接到電話，不論真假，即交辦給局處。讓有心人達到報復目的，不只遭惡意檢舉的無辜民眾不勝其擾，市府內各局處同仁更淪為有心人的報復工具，常常瞎忙一場。
應曉薇要求應明訂檢舉相關標準流程，在法制面必須對惡意檢舉提出相關罰則，才不會讓1999美意淪為有心人的發聲筒。
對此，蔣萬安回應，將請研考會重新檢討檢舉制度，從機制面防堵民眾以不具名、非事實情形濫用1999，並會請法務局提供法制建議，全面檢討檢舉機制。
研考會主委俞振華說明，1999話務中心為落實「實名制」規定，陳情人反映案件時，均須提供真實姓名及聯絡電話，若所留電話與來電顯示號碼不符或未顯示來電號碼時，話務中心須以外撥電話方式確認為陳情人本人後，才能代為協助成立案件派送權責機關辦理。
俞振華表示，針對惡意不實檢舉的案件會存參，以避免民眾冒用他人個人資料檢舉，而造成他人權益受損及不實檢舉耗費行政資源。至於同一人對同一事一再檢舉，或同一人對不同事大量檢舉，未來會與法務局研議防範機制，但需考量不牴觸《行政程序法》與《個資法》等中央法規。
基層警員透露，1999最大問題沒有合理檢視內容，警察24小時輪值，多數案件直接派給警局，但並非是警察相關業務，篩選案件是1999當前須檢討的狀況。