(中央社訊息服務20231011 10:39:30)非營利組織係以公益為目的，推動社會福利、教育、文化、慈善機關或團體等事業，而常以財團法人的形態設立。而所得稅法對於財團法人在符合一定條件時會給予有條件之免稅待遇，勤業眾信聯合會計師事務所稅務部資深會計師陳惠明今（11）指出，財團法人主要特質以公益為目的，其盈餘不能分配，解散後剩餘財產還應歸屬該機構所在地之地方自治團體、或政府指定的機關或團體。在這樣特質下，稅法為使其收入能善用於創設目的之相關支出達到推動公益目的，所以訂有「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」，要求創設目的支出如能達經常性收入60%的規定，則可免納所得稅，但即使符合免稅要件，財團法人也只有「銷售貨物或勞務以外之經常性所得」可以免納所得稅，對於「銷售貨物或勞務產生之所得」，則仍如一般營利事業，需課徵營利事業所得稅。雖然非營利組織並非以營利為目的，與以營利為目的營利事業有本質上的不同，但為能符合免稅適用標準，建議在申報作業上仍要格外注意。
陳惠明指出，因為財團法人銷售貨物或勞務的所得如同營利事業一樣需要課稅的，所以當銷售貨物或勞務發生虧損時，也可以比照公司組織之營利事業，依所得稅法第39條但書規定，自以後十年度銷售貨物或勞務之所得中扣除。至於銷售貨物或勞務以外的虧損，例如創設目的有關的收入不足支應與其有關活動之支出，則無法自以後年度銷售貨物或勞務所得扣除，但仍
可以用來扣抵同一年度銷售貨物或勞務之所得，亦即財團法人銷售貨物或勞務之所得，得先扣除銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動支出之不足數，再計算課稅所得額。
由於財團法人設立主要以從事公益為目的，為確保其財產的運用不會影響本身公益目的之推行，是以對於財團法人資金的運用有嚴格的規範，除了存放在金融機構外，原則上只能購買風險較低的公債、國庫券、銀行可轉讓定期存單等商品，陳惠明提到，按財團法人法對於財團法人財產的之運用規定，如果是購買股票則限於財產總額5%範圍內，且對單一公司持股比率不得逾該公司資本額5%，對於捐助（或捐贈）累計達基金總額1/2以上之捐助人（或捐贈人）及其關係企業所發行之股票，除了經主管機關核准外，也不得購買。
陳惠明提醒，財團法人購買股票除了投資時必須兼顧財團法人法相關規定外，對於投資或受贈股票後，嗣後獲配股利時也要留意相關課稅規定。所得稅法第42條規定已於107年修正，其刪除有關教育、文化、公益、慈善機關或團體獲配國內股利或盈餘不計入所得額課稅之規定，換言之，財團法人自107年度起所獲配國內營利事業之股利須計入「銷售貨物或勞務以外之收入」，再依免稅標準徵免所得稅，如前所述，要符合免稅標準免納所得稅，假設只有股利所得下，至少要花用掉60%的股利所得才能免稅。而上述股利包括現金股利及股票股利都需要計入銷售貨物或勞務以外之收入，因此，如果是獲配股票股利，則要注意資金流的規劃。
最後，陳惠明也提到，財團法人與一般營利事業的所得稅申報，除了每年同樣須辦理營利事業所得稅結算申報外，財團法人無須辦理所得基本稅額及未分配盈餘稅申報，也無須辦理暫繳，相較而言應該較為單純。