「有立委在搞」前參謀總長、潛艦小組召集人黃曙光的一句話，掀翻潛艦國造原型艦的一池春水，前海軍顧問郭璽直指國民黨立委馬文君，稱馬拒簽保密協議。國防部長邱國正3日指出，只要參與機密會議的人都有簽名，還稱讚馬工作很認真，他沒有揣測哪個人洩密，馬文君則回應「真理會越辯越明」。不過，藍營立委炮口對準王定宇，質疑他同樣凍結預算，甚至洩漏考察地點。
針對外界質疑馬文君拒簽保密協議，邱國正說，國防部召開機密會議時，機密資料都供與會人查閱，而與會人都要簽名，含義就是告知「資料是機密、要保密」，並非所謂的保密協定。
邱國正也說，潛艦國造原是一樁好事，黃曙光是老同事，馬文君也是很認真的立委，大家都很盡責，沒料到會弄成這個樣子。國防部不會揣測誰洩了密或誰被冤枉，一切交由法律界定處理。
藍營則把矛頭指向王定宇，綠營回擊說凍結要看目的與條件，反控國民黨很多作為才是要讓政策推行不下去。民進黨立委林岱樺等多人提案修法，未來不切結保密協議，不得出席秘密會議。
馬文君指出，「真相將會慢慢浮現，邱國正部長有說針對賣台或者洩密的部分，跟馬文君是沒有關係的，那我很希望說大家可以冷靜下來，去分辨其實事實的真相。」馬還說出重話，若跟黃曙光要過蠅頭小利或任何利益，或把機密情資給中共，就切腹以示負責。
不過，郭璽3日接受廣播節目專訪，直指馬文君將潛艦機敏資料交給韓國國安單位，導致幫助台灣的外國友人被捕、坐牢。馬文君把資料送去國外，以為神不知鬼不覺，結果外國友人回去後，剛下飛機就被銬到國安局偵訊，而且資料都是台灣的國會議員傳過來的。
對此，馬文君已在上月30日對郭璽提告加重誹謗，而郭璽2日前往北檢對馬文君提告妨害名譽，另提出民事求償300萬元。