審計部的行事例中，都會在每年8月公布去年度中央政府總決算審核報告，在野黨都會利用報告內容，做為批評執政黨施政不力的佐證。對此，監察院長陳菊居然在院會時，公開要求審計部應設發言人，依事實適度澄清。此舉被國民黨立院黨團總召曾銘宗直指，這是不當施壓及越權。
審計部公布去年度中央政府決算審核報告內容，包括前瞻基礎建設、居住正義、能源轉型、特別預算等，包括蔡總統任內提出十一項特別預算，總金額逾兩兆元，都是舉債支應。
根據過往經驗，在野黨都會拿決算資料，做為監督執政黨的依據，今年的決算結果，還被批為「債留曾孫」。另外，審計部報告也指蔡政府能源轉型全數落後，蔡總統社宅政策7年完工僅二萬多戶，遠低於弱勢需求等。這些資料等於都把執政黨的缺失一一列舉，難怪引起執政黨不滿。
果然，上月間在監察院院會中，提到審計部報告，雖表達尊重審計部獨立行使職權，但也詢問審計長陳瑞敏，決算報告何以引發外界不同解讀與落差？希望審計部設發言人，依事實適度澄清，也期盼監委可就教審計部；多位監委發言附和陳菊看法。
據了解，審計部現場回應，決算報告發布後所獲評價有褒有貶，尊重多元開放且包容的社會，由於行政機關多已說明，經評估後便未再回應；他要求審計部同仁秉持客觀公正、陳述事實的精神監督審查，使國家財務發揮最大效能。
對於監察院出手，修理審計部一事，立委曾銘宗表示，審計部本於職權做出決算報告何錯之有？只因為審計部點出政府太多施政缺失，恐影響執政黨選情而觸怒上意被修理，面對陳菊和眾監委輪番砲火「關切」的壓力，絕非審計部承受得起，國民黨立院黨團堅定捍衛審計長，立法院馬上要審理明年度中央政府總預算，若監院對陳菊帶頭不當干預審計權而沒給出個合理解釋或道歉，將罷審監院預算以示抗議。
曾銘宗說，有知情人士透露，陳菊在院會詢問審計部後，8月31日在宜蘭舉辦的監委共識營也把審計長找去列席，安排半小時與監委交流意見時間，由監委陳景峻主持，「無緣無故叫審計長參加過去不會列席的活動，是否處罰或殺雞儆猴？」
審計部在重要議題指政府缺失非頭一遭。今年3月鬧蛋荒，審計長陳瑞敏在立法院備詢指出，審計部2021年就發現農委會（今農業部）雞蛋產量掌握數據失真，也不夠即時，影響決策判斷，已提審核意見，請農委會更新即時掌握雞蛋產量數據；去年十月也對立院提交新冠肺炎疫苗採購、接種等相關作業執行情形的查核報告，指出多項缺失。
另外，對於超思進口巴西雞蛋爭議延燒至今，國民黨赴監察院告發農業部圖利，未獲積極回應，相對於台北大直民宅發生塌陷，監院立即出手調查，被質疑雙重標準。國民黨立委李德維表示，監察院長陳菊如想要有自己的歷史定位而非臭名，最好把民之所欲放在第一位，不是民進黨想要的放在第一位。
李德維說，我國是五權憲法，尊重監察院的權責。陳菊以及民進黨所提名的監察委員應該了解民之所欲，而非民進黨之所欲。當民進黨急著調查基泰建設時，其實跟全民關係更大的是雞蛋，而不是基泰。監察院的素質、風評為何讓民眾失去信心，在於其所作所為，沒有回應民意的需求。