獨家報導 記者宋秉忠／台北報導
國史館今（29）日舉行李登輝百年誕辰紀念新書發表會，發表《李登輝總統僚屬故舊訪談錄》兩冊，其中對於「劉連昆台諜案」、「兩國論」，出現替李登輝平反的跡象。
共軍少將、後勤部軍械部長劉連昆被台灣情報單位吸收，後來被中共破獲並槍決，外界一直認為是時任總統李登輝在1996年飛彈危機時大嘴巴稱「中共飛彈都是空包彈」，導致中共警覺軍情外洩而展開偵查。不過，前國安局情報員楊六生接受國史館訪問時卻表示，這一事件其實是軍情局內鬥所致，但是軍情局內部主管不能透露內情，只好把責任推給李登輝。
楊六生表示，1996年台海飛彈危機時，坊間傳說因為李登輝暴露「中共飛彈都是空包彈」的消息，致使我方吸收的劉連昆、後勤部軍械部大校局長邵正宗兩人失事被捕，但其實主要是因為軍情局的內鬥；軍情局本來要在固定時間送經費給情報人員，軍情局的術語稱「交通」，因為主管軍官更換延誤，後任軍官懷疑前任承辦人未把經費完全送到，有貪汙嫌疑，想要自行運送經費，使原先運送經費的中介者不滿，才會發生失事問題；但是軍情局內部主管不能透露內情，只好把責任推給李登輝，軍情局有很多情報人員都是因為經費的問題而失事。
至於「兩國論」，國安會前副祕書長林碧炤訪談時表示，其實李登輝對於「特殊國與國關係」被簡化為「兩國論」很生氣，曾要求他要跟媒體糾正相關用法。
林碧炤回憶，1999年7月9日，李登輝接受「德國之聲」訪問時，對於兩岸關係的定位做了重大宣示，「1991年修憲以來，已將兩岸關係定位在國家與國家，至少是特殊的國與國的關係，而非一合法政府，一叛亂團體，或一中央政府，一地方政府的『一個中國』的内部關係」，但隨即在國際上引發軒然大波。
林碧炤指出，見報之後的第二天，李登輝很生氣，要求趕快糾正，並質問林碧炤：「你知道我從來沒有要主張『兩國論』，這是誰說的，是你說的嗎？」林碧炤回答：「總統，我怎麼會講『兩國論』。」李登輝又說「把它改過來，『特殊的國與國關係』嘛！什麼兩國！兩國！兩國！」。
林碧炤表示，他當時真的很多嘴，還跟李登輝說，「總統，我要跟您報告一下，這個在國際傳播叫做 catch phrase（流行語），清楚易懂，『兩國論』很清楚，『特殊的國與國關係』，大家聽不懂。」李登輝聽了以後還是說，「不管怎麼樣，這個你要去改，這是你的工作。」雖然林碧炤奉命去請媒體更正，可是到今天大家還是習慣用「兩國論」。
林碧炤強調，李登輝提出「特殊的國與國關係」時，真的沒有兩國的意思，他跟美國人這樣講，跟「德國之音」也這樣講；隨後，李登輝跟他幾次的對話裡面，李登輝一再強調，「我今天是中華民國的總統，所以我所有的一切，都要依照《憲法》的規定來執行我的職權。我們的憲法是一個中國的憲法，在一個中國的憲法之下，中華民國是代表一個中國。」
值得注意的是，林碧炤在1999年「德國之聲」訪問李登輝總統的時候就在現場擔任口譯，隨後同在現場的新聞局局長程建人驚訝地問他：「稿子是你寫的嗎？」李碧炤答：「前半部是我寫的，後半部就不是了。」林碧炤還說，「我看到的稿子上有李總統的筆跡，可見那些話是總統自己加上去的。」
「兩國論」事件是因為1998年6月時任美國總統柯林頓訪陸提出對台灣不友善的「新三不政策」，李登輝為此設立「強化中華民國主權國家地位專案小組」，進行政策研究；林碧炤說：專案小組開過很多次座談會，蔡英文是提出意見最多的人，而許宗力（現任司法院院長）則是「特殊的國與國關係」一詞的創始人。