陳寅恪在1929年所作的王國維紀念碑銘中，首先提出以“獨立之精神，自由之思想“為追求的學術精神與價值取向。他當時在國學院指導研究生，並在北京大學兼課，同時對佛教典籍和邊疆史進行研究、著述。在清華大學開設語文和歷史、佛教研究等課程。他講課時、或引用多種語言，佐證歷史；或引詩舉史，從《連昌宮詞》到《琵琶行》、《長恨歌》，皆信口道出，而文字出處，又無不準確，伴隨而來的闡發更是精當，令人嘆服！盛名之下，他樸素厚實，謙和而有自信，真誠而不偽飾，人稱學者本色。
陳寅恪的耿介與獨立人格精神，在日常的生活中更是異常鮮明。1927年6月，王國維自沉昆明湖自殺。在遺體告別儀式上，其他人都是行三鞠躬禮，而陳寅恪卻行三跪九叩大，他用這種傳統的國粹最高禮儀表達自己對這位同仁的尊敬與哀悼。
這一段時間經濟非常困難，陳寅恪家裏沒有錢買煤燒火。時任北京大學校長的胡適聽說之後決定送給他一些錢買煤應急。但是，陳寅恪認為這樣的錢受之有愧，有辱自己的清明，就把自己收藏的一些珍貴藏書賣給胡適，以頂替那筆錢款。事實上，胡適揀了個大便宜，陳寅恪那些珍貴藏書的價值，比起胡適給他買煤的那筆款的價值不知道要高過多少倍。
但是，這就是陳寅恪的品格。
陳寅恪就任之後，成為清華大學唯一的中文系“合聘教授”。但是，他在師生中卻享有“蓋世奇才”、“教授的教授”、“太老師”等稱譽。在清華校園裏，不論是學生還是教授，凡是文史方面有疑難問題，都向他請教，而且能一定得到他滿意的答復。大家稱他為“活字典”、“活辭書”。
他治學面廣，宗教、歷史、語言、人類學、校勘學等均有獨到的研究和著述。他曾言：“前人講過的，我不講；近人講過的，我不講；外國人講過的，我不講；我自己過去講過的，也不講。現在只講未曾有人講過的。”因此，陳寅恪的講課時，研究院主任吳宓教授是風雨無阻，堂堂必到的聽課者；其他如朱自清等水準很高、已經名滿天下的教授，也常到教室聽他講學。哲學專家馮友蘭，當時任清華大學秘書長、文學院長，早已經是著名的學界泰斗一級的人物了。可每當陳寅恪上《中國哲學史》課時，馮先生總是恭敬地陪著陳寅恪從教員休息室走出來，靜靜地坐在教室裏聽他講課。
1963年，胡喬木特地到中山大學看望他，關心他的舊稿重印事宜。還說，在清華學院時，可惜沒有機會聽陳寅恪講課，深感遺憾。
陳寅恪講課時總是端坐而講，所論者皆關宏旨，絕無遊詞；態度嚴肅，從不嘩眾取寵；認真負責，極少曠課。有人聽他講課四年，從未見過他請過假。講課雖多平鋪直敘，但聽課者並不感到枯燥。
對學生的愛護無微不至更是陳寅恪的特點。對學生生活乃到畢業後就業問題，也非常關心。他認為問答式的筆試，不是觀察學問的最好方法。做論文，要求新資料、新見解。他從不要求學生用死記方法，而是鼓勵思考，他更反對“填鴨式”的教育方式。
此外，陳寅恪講學還注意自然啟發，著重新的發現。對學生只指導研究，從不點名，從無小考；就是大考，也只是依照學校的規章舉行，沒有不及格的。他常說：問答式的筆試，不是觀察學生學問的最好辦法，因此每次他都要求學生寫短篇論文代替大考。但他又強調，做論文要有新的資料或者新的見解，如果資料和見解都沒有什麼可取，則做論文也沒有什麼益處。
陳寅恪在清華的故事很多。1932年夏，清華大學國文系主任劉文典請陳寅恪擬清華大學入學考試國文試題，陳寅恪出對對子“孫行者”一題，一時引起輿論大嘩，當時已經由政府明令，推行白話文達十年之久。陳寅恪此舉引起社會各界不少批評，大多是說陳是在開倒車。因為對對子是舊式私塾的功課，而新教育沒有這個內容。陳寅恪卻堅持自己的做法，他的題目中有一個對子是“孫行者”，標準答案竟然是“胡適之”，“孫行者”在這裏不光是一個人名，還有“孫子行走著”的意思，而“胡”是文言疑問詞，“適之”是去哪里的意思。
在講授歷史研究的心得時，他常常說：“最重要的就是要根據史籍或其他資料以證明史實，認識史實，對該史實有新的理解，或新的看法，這就是史學與史識的表現。”他的學生曾經回憶道：“陳師在講歷史研究時，常說：凡前人對歷史發展所留傳下來的記載或追述，我們如果要證明它為有，則比較容易，因為只要能夠發現一二種別的記錄，以作旁證，就可以證明它為有了；如果要證明它為無，則委實不易，千萬要小心從事。因為如你只查了一二種有關的文籍而不見其有，那是還不能說定了，因為資料是很難齊全的，現有的文籍雖全查過了，安知尚有地下未發現或將發現的資料仍可證明其非無呢？”陳寅恪對學術研究的嚴謹態度由此可見一斑。難怪傅斯年對他進行這樣的評價：“陳先生的學問，近三百年來一人而已！”