2021年捐贈BNT疫苗的鴻海創辦人郭台銘7日晚間爆料，蔡總統曾派代表「明白地告訴他不准買疫苗，因為台灣已經有自己的疫苗」；總統府立即澄清，政府沒有人阻擋疫苗，也絕不可能阻擋疫苗採購，呼籲政治人物不要再以疫苗議題做政治消費。 2021年5月中旬，台灣新冠疫情大爆發，5月15日雙北三級警戒前的一年多時間裡，台灣因新冠染疫死亡人數只有2人，但5月中旬疫爆後，短短一個月裡，台灣竟有超過500人染疫身亡。當年沒有足夠疫苗可供全民施打，被認為是短時間內造成大量病亡的關鍵因素之一。 就連監察院也認同，疫苗採購不及與短時間內大量病亡有關。2021年6月18日監察院啟動疫苗採購調查的新聞稿就提到：「新冠肺炎疫情肆虐全球，本土疫情於110年5月中旬後突然爆發，截至今（18）日止，確診人數13771人，不幸死亡人數518人，國內社會瀰漫恐慌與不安，國人對於疫苗之施打有急切需求，然有部分之輿論認為中央流行疫情指揮中心對於疫苗整備及採購政策似有不周，且決策過程未見完備。」 新冠疫情肆虐，政府先是疫苗採購不足，後來為了保護國產疫苗，又阻擋民間機構鴻海與慈濟捐贈國外的BNT疫苗。 指證蔡政府阻擋BNT採購的不只郭台銘，還有慈濟。慈濟慈善事業基金會執行長顏博文也爆料，在慈濟決定要採購疫苗前，接到許多來自政界、工商業界等大老的電話，「買不到的，不要浪費力氣」，原來是許多工商業大老都想要買疫苗，卻被政府勸阻或說政府自有安排；甚至政府也不斷說明，買疫苗是政府權限且並未授權；慈濟與政府溝通時，也有官員直接說：「這件事情不用想了。」 對於總統府澄清「政府沒有人阻擋疫苗」，防疫學會理事長王任賢直斥是「胡說八道」；王任賢提醒，2021年7月12日，行政院發言人羅秉成就曾說過，政府「如果想擋，找個機會、藉個題目，挑挑裡面的問題，說你文件不齊備，那個文件待補正，弄個一兩個禮拜沒問題吧，何必連夜加班，馬上批核簽署。」 王任賢指出，行政院光是審批民間採購BNT的申請書，就能「弄個一兩個禮拜」，蔡總統還敢說「政府沒有人阻擋疫苗」？ 王任賢指出，疫苗採購弊端事關人命，任何政黨、任何人當總統，都應該撤查到底，即使是賴清德當選下一任總統，也應該撤查，還人民一個公道。