中國開始調查2455項台灣產品的貿易壁壘，讓台商開始擔心中國是否將取消ECFA的關稅優惠，陸委會主委邱太三說，ECFA若中止，兩岸皆損；然而細究ECFA早收清單的內容，如果大陸真的取消ECFA的關稅優惠，台灣的損失至少是大陸的4倍以上。 雖然民進黨政府一直強調，ECFA是互惠互利，但深入研究後會發現，基本上是大陸單方面對台讓利。 根據經濟部國貿局2020年9月1日更新的「關鍵16問，簡單搞懂ECFA」問答集，協議生效後，大陸和台灣獲得降稅的產品項目數分別是267與539項、台灣的產品項目是大陸的1倍多、貿易金額是大陸的4倍多、大陸平均關稅稅率又高達台灣的2倍。 國貿局寫到，列入ECFA的商品降到零關稅後，「台灣產業得到的關稅減免利益遠遠大於大陸」；因此，邱太三說的「兩岸皆損」，並不準確，如果台灣貿易金額是大陸的4倍多，取消ECFA後，台灣的損失至少是大陸的4倍多。 根據國貿局資料，2019年，台灣出口到大陸產品享受ECFA零關稅的貿易金額就高達138億美元，免除關稅後可省下將近9億美元，總計有2.2萬多家中小企業受益；而且，在ECFA實施的13年間，台商已省下超過2600億台幣的關稅。 因此，台灣前ECFA談判代表高孔廉向「品觀點」表示，ECFA是兩岸都受益，誰大誰小？當然是台灣大，因此若停止，兩岸都受損，但台灣的損失也較大。 高孔廉稍早曾針對大陸調查台灣貿易壁壘一事表示，大陸的動作是因為台灣違反WTO規定，單方面禁止大陸產品進口，根本不涉及ECFA以及大陸讓利的問題。 高孔廉研判，大陸調查結束後，最可能採取的措施應該是限制部分台灣產品進口，而這些項目應該跟ECFA無關，因為ECFA的廢止依協議有一定程序，例如，要通知對方後半年；大陸應該會選金額不是很大的產品，而那個台灣產品出口大陸的占比比較高，藉此警示台灣。 大陸台企聯常務副會長吳家瑩則認為，若大陸取消ECFA，對台商的影響「非常非常」大，比大陸商務部調查2455項台灣產品更嚴重，因此台灣多個工商團體都表達關切，不少台灣工商領袖近日都向大陸詢問，「貿易壁壘調查是否意謂大陸將取消ECFA？」 吳家瑩表示，如果政府還不積極與陸方交涉，一旦ECFA被消取，對於大陸台商來說將是「致命的一擊」，因為12.5萬家大陸台商中很多是從台灣進口半成品或零件，在大陸加工後出口到其他國家，如果ECFA被取消，意謂著台商將失去關稅的優惠，競爭力會大幅削減。 那麼大陸會取消ECFA嗎？吳家瑩認為，不太可能，從中共總書記習近平最近的對台談話，還有3月大陸全國兩會釋出的消息，都是要照顧台商，例如輔導外銷型台商轉向大陸內銷市場；因此，大陸不太可能取消ECFA這個攸關台商利益的優惠政策。 但吳家瑩也提醒，大陸對於台商的態度已經很明顯，絕不允許台商「在大陸賺錢，在台灣支持台獨」，台商在政治上的言行要格外小心，以免自找麻煩。
台企聯會長李政宏也向「品觀點」表示，ECFA的推動，雖說對雙方都有利，但獲利最大的是台灣，所以有關方面的說法是避重就輕，而且所謂的「因應」作法更是空談，全球布局少了大陸這個第二大市場如何完整？而且其他市場怎可能大幅讓利給台商？
李政宏指出，台灣缺工、缺水、缺電、土地炒作，要如何優化投資環境？分散生產基地和轉型升級，政府沒帶頭提政策、給支持，對中小企業更是遙不可及；更別談參與區域經濟整合，沒有穩定的兩岸關係，根本不可能達成。
李政宏表示，大陸台商強烈呼籲民進黨政府，不要一面享受大陸的讓利、吹噓經濟成長，一面又大搞親美抗中、破壞兩岸的和平發展；民進黨政府應該盡快承認九二共識，恢復兩岸密切的交流交往，發揮優勢互補的作用，攜手共同對抗外部混沌不明且有可能全球經濟衰退的惡劣環境，共謀中華民族的偉大復興。