行政院下屬三級（署級）機關因為是執行機關而非決策機關，過去只有食藥署、健保署、體育署等5個署長可以政治任命，其餘署長都由事務官（文官）擔任，以維護行政中立，但在行政院的組織改造中，可以政治任命的署長又多了經濟部的產業發展署、能源署、中小及新創企業署，以及交通部觀光署。在野黨痛批，此舉是執政黨擴大政治酬庸，嚴重破壞文官中立體制。 國民黨立院黨團總召曾銘宗指出，民進黨任用官員向來看顏色不看專業，國家通訊傳播委員會（NCC）主委陳耀祥及中選會主委李進勇都是例子，若用人不看專業、政治任命，不僅會成為酬庸，也有違行政中立；此外，採雙軌制將影響文官升遷，也可能衝擊文官士氣，一旦開了先例，會不會愈來愈多首長改為政治任命？ 民眾黨立院黨團幹事長張其祿指出，三級機關大多都是局跟署，設置的目的比較屬於執行端，不是決策端，過去為了維持國家文官體系的穩定，設置常任文官的機制；現在如果把局、署的首長變成政治任命，未來定會壓縮到體制內的升遷，文官升遷機會和管道受阻。 交通部觀光局改制為觀光署後，署長可由政務官出任，業界認為，若政治考量大於專業考量、首長缺乏觀光事務經驗，恐不利觀光長遠發展。 旅行商業同業公會理事長蕭博仁向《聯合報》表示，從基層上來的事務官對業務比較熟悉，改制後希望由熟悉觀光業務者接任首長，若酬庸式用人、沒有觀光事務經驗，對台灣要長期觀光發展一點幫助都沒有。 蔡總統執政以來，一直被批評「不尊重文官體制」，最近，三級機關健保署署長石崇良遭總統府免職，石崇良原本即是事務官，當初是以政務官任命為健保署長，如今又以一份公文轉回事務官。民主文教基金會董事長桂宏誠向《聯合報》表示，政務官與事務官身分能如此便捷轉換，如何能夠讓人信賴保持行政中立？ 桂宏誠指出，三級機關首長屬於政策執行機關，首長理應由久任的事務官擔任，但民進黨執政後，將政務職擴大至中央三級機關首長，凸顯了文官體系的崩解，破壞文官制度，石崇良案並非首例，已成常例。