陳耀祥主管下的NCC爭議不斷，先是陷入關說疑雲的鏡電視上架案繼續審查，裁罰中天新聞案也多次被法院駁回；而陳耀祥的因應之道就是增列訴訟預算，5年中增加8倍，浪費納稅人的血汗錢。 國民黨立委洪孟楷近日接獲檢舉，指控NCC主委陳耀祥準備在4、5月間偷偷闖關鏡電視上架案，陳耀祥10日在答詢時則坦承，可能在4月、5月討論鏡電視上架案。 鏡電視接連爆出財務疑慮、公司治理問題，去年9月，在野黨立委公布鏡電視內部股東會錄音，顯示有政治力介入鏡電視執照申設過程，要求法務部徹查；士林地檢署簽分他字偵辦，今年3月將陳耀祥列為他字案瀆職罪被告。 除鏡電視關說疑雲外，法院近期也多次判決NCC裁罰中天案敗訴，10日的判決書還指出NCC多次敗訴之因：「片段擷取該次諮詢會議少數委員之部分意見，對於多數委員認為系爭新聞並未違法之意見，置之不論。」 為了應付不斷增加的訴訟，陳耀祥在2023年編列1310萬元訴訟預算，比2018年的150萬元，多出8倍多。 陳耀祥面對立委及輿論質疑時，經常抬出「NCC是獨立機關」的說詞，台藝大廣電系教授賴祥蔚指出，「NCC是獨立機關」的意思是：不受行政院的行政干預，並不是說不受公眾的監督。 就以「不受行政干預」來說，賴祥蔚指出，曾被時任行政院長蘇貞昌公開批評「誰都管他不到」的前NCC主委詹婷怡，才比較能貫徹「NCC是獨立機關」的精神。 至於陳耀祥，2020年外洩的總統府密件即透露，蘇貞昌「罵走」詹婷怡，找陳耀祥擔任NCC主委後，因發生台數科新聞台事件，蘇貞昌認為陳耀祥不太會處理事情，特地把陳耀祥找去訓話；蘇貞昌認為在訓話後，陳耀祥應該會聽話。 面對立委質疑NCC訴訟預算5年暴增8倍，陳耀祥辯稱，NCC都是被告；賴祥蔚則反問，其他行政部門的被告次數有顯著增加嗎？如果沒有，則證明NCC的決策品質有問題；最近裁罰中天案接連敗訴，更加證明NCC的決策有問題。