前總統馬英九登陸，行政院副院長鄭文燦要他「秉持著對等尊嚴的立場」。28日上午，馬英九在南京拜謁中山陵後向媒體表示，國父孫中山1911年推翻滿清，終結中國四千多年的君主專政，建立亞洲第一個民主共和國─中華民國；他還呼籲兩岸共同努力，追求和平、避免戰爭，致力振興中華。
馬英九登陸、蔡總統訪美，一前一後，形成「雙英對決」的態勢，蔡政府因此升高對馬英九的批判火力，並有意將「雙英」進行對比。
行政院長陳建仁27日表示，想建議馬前總統也能多到其他國家參訪，鼓勵我們外交同仁；同時建議馬英九「少一點脾氣、多一點勇氣」，讓我們的外交能再更加爭一口氣。
鄭文燦則說，馬英九訪陸選在這個時機，外界有許多不同的評價，這是馬英九的選擇；而馬擔任過8年總統，對台灣處境應有深切體會，這些抉擇也勢必要接受各界的檢驗，希望能秉持著對等尊嚴的立場。
台灣輿論則是聚焦馬英九在大陸，將在什麼場合、用什麼方式說出「中華民國」，因此，馬英九在大陸第一個公開行程——拜謁南京中山陵後，特別利用媒體聯訪的機會表示，國父號召海內外志士仁人共襄大業，歷經革命先烈十次流血革命行動，終於在18年後的1911年，推翻滿清，終結中國4000多年的君主專政，建立亞洲第一個民主共和國─中華民國。
馬英九還表示，民國14年3月12日國父逝世，在遺言中要求國人要「和平、奮鬥、救中國」；98年後的今天，馬英九基金會的數十位同仁與同學，從台灣來到南京中山陵國父靈前致祭，提出「和平奮鬥、振興中華」的目標，深盼兩岸共同努力，追求和平、避免戰爭，致力振興中華。這是兩岸中國人不可迴避的責任，我們一定要努力實現。
對於馬英九訪陸、蔡英文訪美，柯文哲27日表示，有100多萬名台商在大陸，而大陸亦占台灣出口43%，雙方有所來往，需要有人關心，馬英九訪陸沒有問題，在法律層面也合法。
柯文哲還認為，馬英九訪陸跟蔡總統訪美時程相同絕非巧合，若馬英九、蔡英文彼此有所默契，互相配合就還好；但他也擔心兩人各幹各的，這就很麻煩，因為最重要的是國內要先有共識，若沒有共識就是台灣的政治危機，代表我們是分裂的國家。