調查局調查官余正煌自訴林智堅碩士論文抄襲案，台北地院於1月11日首度開庭。開庭前一天，林智堅論文指導教授、國安局長陳明通一改不回應的態度公開替林智堅喊冤，隨後就遭余正煌回嗆「要戰就來」。 「小調查員對上大國安局長」，再度抄熱林智堅論文門，據Quickseek快析輿情資料庫調查，「林智堅出庭不認論文抄襲」新聞高居12日的國內政治熱門議題首位，壓過「陳建仁接閣揆」的熱度，而且網上留言偏向對林智堅的負面評價，像「假裝阿扁卻沒有阿扁的聰明才智」、「之前記者會林智堅都說資料他給余的，現在又說沒有；授權喔，叫林智堅當庭示範一次跑統計過程啊」、「都沒市長當了，還要搞這齣，繼續愛面子」等。 之前，陳明通在立法院面對藍委要求他為林智堅論文抄襲下台時，多次以「陳教授不回答陳局長」的說法卸責；但10日，當國民黨團再次提案要求他道歉下台，陳明通突然起身，激動的兩度爆氣大喊，林智堅抄襲案是冤案。 陳明通說，「法院要開議了，所有的證據，包括曾銘宗委員、溫玉霞委員都看過，這是一個冤案，我在這裡必須說明，通過這樣的東西，我沒辦法接受。」 當天晚上，余正煌也突然在臉書發文稱，「黨，聯合公司要攻我嗎？沒關係，我不會更差了，要戰就來。」 媒體解讀，余正煌所稱的「黨」很明顯就是民進黨，所謂「公司」則意指調查局，而《聯合報》披露，調查單位內部傳出，余正煌年度工作考績被打乙等，還有聽說長官要將他從外勤轉調內勤。 余正煌的律師也表示，余正煌確實承受一些壓力，連二姐過世，訃聞都不用他的名字，怕連累家人。 對於媒體爆料，余正煌所在的新竹市調查站不回應，只稱相關資訊統一由調查局說明。 余正煌雖未出庭，但仍庭呈給法官他和林智堅的兩人論文比對表，其中有33處疑似遭抄襲處，包括兩人中文摘要、研究途徑與方法、概念界定及操作性定義與測量、依變項、研究對象與資料來源、分析工具、模型分析、主要研究發現。 不過，陳明通敢打破沉默出面喊冤，也是有備而來，名嘴黃暐瀚分析陳林師徒的策略是：「余正煌無權主張著作權。」 就像林智堅委任律師胡中瑋說的，違反學術倫理不等於違反《著作權法》，余正煌的89頁論文中，有27頁完全複製「民調內容」，其中包過未公開發表的著作（民調公司的分析），不符合《著作權法》52條的「合理引用」，所以，余正煌「不得享有著作權」，更無權提出訴訟。 黃暐瀚分析，台大撤銷學位，學倫會說林智堅違反學術倫理，不等於林的「違反著作權法」官司就會輸，只要證明余正煌論文內容「抄襲」是從未公開過的「林智堅內部民調」，余正煌自訴案未必穩贏。 余正煌委任律師吳俊德則回應，林智堅從來沒有提過該民調的著作權問題，甚至陳明通也曾引用作為論文發表，指控該份民調背後公司是林智堅為了答辯而捏造的。 那麼，對於林智堅論文抄襲案的爭議，人民是相信余正煌，還是陳明通？ 據Quickseek快析輿情資料庫調查過去1週陳明通與余正煌在林智堅論文門事件上的網路正負聲量比，可以發現，在1月10日，陳、余兩人隔空交火後，兩人的正負聲量比出現反轉，陳的負面聲量高過余，而之前，余雖是受害者，但在論文門事件上的聲量一直很低。 再檢視林智堅、陳明通、余正煌三人在論文門事件中的正負聲量比，林還是高居首位，陳明通次之。 比較特別的是，要求民進黨全黨挺林智堅論文的蔡總統，原先在林智堅論文門事件中的總聲量一直很高，而且負面聲量也很高，但這次由陳明通挑起的論文門爭議，蔡總統卻突然變成「局外人」，沒受到事件的牽連，可見陳明通已經成功轉移焦點，讓輿論忘了蔡總統在論文門事件中的責任。