在了解了質子治療基本概念後，我們知道它的優勢在於進入人體後精準的劑量分佈：腫瘤處高劑量，同時避免正常組織處不必要的劑量累積。相信讀者們會很好奇，究竟臨床上，質子治療如何執行？又該多久做一次呢？
目前臨床上常用的質子治療流程與傳統放射治療相似，除少數情況下可一次治療完成之外，多數情況都是採「分次治療」，治療頻率與總次數則依臨床狀況而定。常見的情況是週一至週五每天治療1次，每次的治療時間約30分鐘左右，過程一般不需麻醉，且照射到身體時不會燙也不會痛。在總治療次數部分，少則約3至5次，多則可達30次以上。
質子治療得經過多道準備程序
因此，我們可知道，質子治療的療程短則1週內，長則可達近2個月。在這麼長的時間當中，要確保質子射線能精準命中腫瘤目標，就需要仰賴完整的流程規劃。在真正開始將質子照射進入體內前，是需要經過非常多的準備程序。
以筆者所在醫院為例，並同時參考美國放射腫瘤學會的資料，主要流程大致有以下幾項：會診 → 固定器設計製作 → 取得影像 → 靶區勾畫 → 治療計劃設計 → 治療計劃品質保證再確認 → 病患每日（次）治療。
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第1步：門診或會診
目的：醫師說明治療目的、療效與副作用
求診的病患會從放射腫瘤科門診或是其他科前來會診，醫生判斷並解釋質子在每個病患、不同腫瘤情況下是否適合施做、可能的結果以及可能產生的副作用，溝通以及清楚確認細節完畢之後，進入治療流程。
第2步：固定器設計製作
目的：找出最適合且固定效果最佳的治療擺位及運動控制
進入治療流程的第1件事，就是固定器的設計與製作。此步驟的目的就是針對所要治療的部位，找出合適的治療姿勢和擺位。同時，為了確保整個療程中，都能穩定維持在相同的姿勢與位置，常會需要設計特定輔具來做協助。這部分需要高度的客製化，並仰賴醫療團隊的專業和經驗。
以筆者所在的醫院來說，我們針對腫瘤較不移動的部位（如腦瘤、鼻咽癌、頭頸癌等）客製化屬於病患的頭枕和模具，以方便未來每日治療時，能以最舒適的姿勢來進行治療；而如肝癌、肺癌等會隨著呼吸而移動的腫瘤，除了設計固定器之外，更需要對病患進行客製化的呼吸運動評估與訓練，以確保治療時能精準將質子正確地隨著呼吸打在腫瘤位置。
這個過程相當重要，強調「固定性」與「再現性」，因為不論設備如何先進，如果腫瘤位置有偏差，質子也會「精準偏差」了。
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第3步：模擬定位攝影
目的：取得治療影像，同時包含移動腫瘤／器官評估
我們進入取得治療影像的部分，專業術語說是模擬定位攝影。這步驟簡單來說，是要取得體內腫瘤部位和正常器官影像，才能設計質子從體外照射，打擊該打擊的、閃避應當閃避的組織。模擬定位攝影目前標準皆是以電腦斷層來進行，而筆者所在單位則同時配有核磁共振，以利腫瘤部位及體內正常組織的精確判讀。而針對會移動或形變的器官，也會在模擬定位攝影時採取四維的影像擷取，以利後續治療評估。
以上幾個流程，都需要病患的參與和配合；接下來的工作，則是由醫療人員在幕後來進行。
第4步：靶區勾畫
目的：醫師在影像上勾勒出需治療的腫瘤部位及需保護的正常組織
這項工作高度仰賴放射腫瘤科醫師的專業能力，過程類似於外科醫師在進行手術。我們將模擬定位時所取得的病患影像放在電腦上（如同病患躺在手術台上），利用模擬定位所取得的病患影像，以及其他參考資料一併評估，針對腫瘤部位以及正常組織進行勾畫標記，以利後續做治療計畫時能精準給予照射 ，好比是手術過程中要將腫瘤摘除並與正常組織分離。
這過程直接影響到治療成效以及副作用，也是放射腫瘤醫師訓練的重點項目。如果應當照射的腫瘤部位未能正確勾畫，那復發率就可能提高；相反的，如果該閃避的正常組織沒正確勾畫，副作用也可能就隨照射產生。醫師經驗以及國際間相關研究報告，都會是評估靶區勾畫的重要參考。
第5步：治療計畫設計
目的：依據處方，客製化治療角度與劑量給予
當醫師勾畫好靶區後，便進入到治療計劃設計。這步驟是在已經勾畫好的腫瘤影像上，依據醫師的處方：包括腫瘤需照射的劑量、以及正常組織可承受的耐受劑量等，而依據質子中心設備的條件，由醫學物理師或劑量師在電腦上進行模擬，來客製化設計質子照射方式，包含照射角度的選擇、劑量需求的最佳化運算等等，目的是要達成醫師的處方。
由於質子本身物理與生物特性不同於傳統的光子治療，治療計畫設計時的考量點也大有不同。在不同的質子設備，也會有設計考量的不同。比如筆者所在單位備有360度全方位的質子機座，相較於小角度或固定角度的單位，就能在治療計畫時給予更高的自由度。而筆尖式掃描的質子設備，相較於散射式質子設備，也能提供較高的計畫複雜度來因應不同腫瘤的需求。
第6步：治療計畫品質保證
目的：確認電腦模擬與實際治療輸出一致
最後一步治療施做之前，必須完成治療計劃的品質保證確認，以確認治療計劃與機器輸出的一致性。由醫學物理師來執行確認品質保證的驗證內容，每位病患、每個照射，都必須完成治療計劃品質保證報告，才能讓病患進入治療。
第7步：進行治療
目的：依照已完成並經驗的治療計畫執行擺位、導航與治療
每次治療時，醫事放射師會協助病患躺到治療檯上，依當初設計好的擺位與模具，將病患固定在正確的治療位置，然後進行治療。在真正打出質子射線之前，為確保治療準確無誤，一般都會進行治療前的影像導航後才打出質子射線。導航雖然會增加病患躺在治療床上的時間，但對臨床質子治療的精準度卻能大幅提升，不同的醫院也必須依據自己的設備，擬定單位內的SOP。
程序精細且複雜，施作者經驗更是關鍵
如此尖端科技的治療方式，每一次得經過許多精細且複雜的程序，不僅得有高度專業醫療評估和處方，也需要病患與醫療專業人員在程序多方合作，才能順利完成每一次的治療目的。設備固然先進，但「人」更是真正的關鍵所在。
以筆者所在單位為例，為確保治療品質，我們在開始收治第一位病患前，就擬定當時少有的三維導航質子治療流程。過去幾年間，累積近3萬人次的治療經驗，發現透過三維導航，確實能更有效的提高質子治療精準度。
這成果也獲邀在2022年美國舉辦的國際粒子大會中，以口頭演講報告的方式，將經驗分享給全世界的質子重粒子治療中心，提供國際單位做參考，讓台灣在質子治療品質提升的路上貢獻了一份心力。