新冠肺炎疫情衝擊全球航空業，桃園機場營運跟著受到重創。桃機去(2021)年旅運量僅剩91萬人次，再度寫下新低，導致年收入銳減，加上還有龐大的工程款支付壓力，預計到今(2022)年3月舉債將破百億元，外界擔憂未來恐會破產。
疫情延燒已超過2年，從2020年2月開始，桃園國際機場旅客人次從每年4,800萬人次，降到去年只有91萬人次，僅剩下2%。儘管去年貨運量達到歷史新高281萬噸，起降次數是2019年近3倍，約1,900架次，但依舊無法彌補沒有旅客造成的損失。
桃機公司表示，目前已經舉債70多億元，由於還有重大建設工程，預估到今年3月舉債將超過百億元，恐怕必須等到未來疫情狀況好轉，旅遊市場大門重啟，才能夠陸續償還。
據瞭解，桃園機場正在進行第3航廈與第3跑道建設，總經費高達1,300億，一旦舉債金額超過資本額248億，恐將根據「公司法」宣布破產，桃機公司已提出計畫向交通部求援。然而桃機2020年累計虧損19億元，去年虧31億元，合計已達50億元，今年恐再虧損63億，對此，民航作業基金已先予以增資9億元。
對於桃機瀕臨破產危機，交通部指出，桃機公司是100%國營公司，沒有破產問題，過去2年多來受到COVID-19疫情衝擊，使得收入短缺，但仍繼續照顧機場工作團隊，將會給予資金調度支援，在邊境解封後，營運即可逐步回到正軌。
在彌補虧損方面，交通部提到，桃機公司提出很多方案，包括增資、調整費率等，但並非因為現在碰到大問題，而是考量未來是建設經費高峰期；不過機場旅運量未能恢復，沒有人搭機，調整費用作用不大。