配合中央疫情指揮中心全國疫情三級警戒實施至6月14日，並評估疫情期間旅運需求，台鐵局表示，6月9日至6月14日將再停駛平日各級列車71列次、假日各級列車91列次，並取消原端午連續假期加班車120列次。另外，配合易遊網營運環島星觀光列車停駛至6月30日止，1次、2次、502次將停駛至6月30日。
因列車停駛而受影響旅客，台鐵局將協助退換票或改搭當日最近班次列車繼續行程，已購票旅客不限搭乘區間，均可自票面乘車日起1年內，持原車票至台鐵各車站窗口辦理退票，免收手續費；已完成網路付款未取票車票、台鐵e訂通退票車票，手續費由台鐵局統計批次退款。對於已購妥端午連假期間車票旅客，台鐵局提醒旅客請再確認所乘車班次是否有變動，提前辦理退票或變更班次。
為配合防疫需求，台鐵局於5月18日起調整票務系統配座程式，採交叉式配座方式售票，在座位充裕狀況下，單人乘車將優先販售靠窗座位，鄰座暫不予發售；雙人以上乘車考量親子、需照顧的年長者等需求，仍發售相鄰座位為原則。另外，5月25日起再調整針對列車座位利用率較低車次及無同行旅客，依分散旅客座位、維持適當間距原則販售列車座位。
因應疫情發展，5月15日至6月14日台鐵局各級對號列車（太魯閣號、普悠瑪號、自強號、莒光號及復興號）禁止站票搭乘，持用定期票或悠遊卡、一卡通等電子票證旅客，請搭乘區間車或區間快車；巡察時說發現站票搭乘對號列車時將勸導下車，勸導不聽就會移送鐵警局交地方衛生單位裁罰。
高雄市長陳其邁指出，這波嚴峻疫情根據相關資料，可推斷大概是從5月8、9日開始，可能是人員流動衍生群聚；他拜託大家，端午節儘量先別回家，或許可採用視訊、電話等方式跟家人聯繫。