受到國內本土疫情嚴峻影響，國稅局全面暫停臨櫃服務至6月14日。而在手機報稅、行動電話認證兩項新服務導入下，截至5月25日為止，綜所稅申報已有377.33萬件完成，速度比去(2020)年同期更快，換算全國完成申報比率近6成。
根據財政部統計，已完成申報所得稅的案件，採網路及稅額試算申報件數，占比達99.5%。網路申報中採用手機報稅及行動電話認證件數，分別達50萬件及76萬件，占網路申報比率分別為21.9%、33.5%。
財政部表示，單以5月17日至5月23日一週來看，即使國稅局不對外提供臨櫃服務，申報件數新增近50萬戶，主要是靠網路申報、稅額試算網路回覆等。全國已申報戶數比重在一週內由48%提升至56%。
原本綜所稅的各項申報書、繳款書或稅額試算通知書上，載明申報繳納期限為5月31日，因疫情皆自動展延至6月30日。民眾盡可能在家使用手機、平板或電腦進行網路報稅，並利用信用卡、行動支付、委託轉帳、便利商店等多元方式繳稅。
財政部表示，納稅義務人若受新冠肺炎疫情影響，如因減班休息致經濟困難，無法於規定繳納期間內1次繳清稅款者，可依稅捐稽徵法第26條相關規定，於規定繳納期間且含展延期間內，至稅務入口網或郵寄申請書，向所轄稅捐稽徵機關申請延期或分期繳納稅款。
由於這波本土疫情嚴重衝擊小型商店生意，財政部已主動請各地區國稅局，調減4月至6月小規模營業人及免予申報銷售額營業人的查定銷售額、營業稅額，最低打7折，最高可全免。如有其他特殊情形，包含停業或其他個案，只要經所在地國稅局查明，還能核實調減，預估總減稅金額達2.3億餘元，有49萬多家商店因此受惠。