因疫情升溫，配合雙北防疫提升至三級警戒，馬偕醫院相關配套措施請民眾配合，相關措施如下：
一、民眾入院前仍需插健保卡，自5月17日起，若曾於本院就診過登記地為萬華、板橋居民，請改至戶外門診就醫。若民眾曾有相關風險區域活動史(如萬華、和平醫院、板橋...等)，若有就醫需求，亦請直接至戶外門診就醫。
二、自5月17日起，除特殊情況外，全院禁止探病。
三、因COVID-19疫苗配送數量限制，自5月18日起取消已預約「公費」及「自費」疫苗注射，後續將視疫苗配送情形，再行開放；並優先保留原預約遭取消民眾，請再注意醫院網頁及掛號網頁公告。
四、自5月18日起，持有慢性病連續處方箋的病人，可申請預約慢箋領藥，領藥時請至戶外領藥窗口（中山北路/民生西路口組合屋)領藥，減少您出入醫院之機會。
五、自5月18日起至5月31日，夜診暫停。
六、自5月18日起至5月31日，暫停(延遲)非急迫性之住院、手術(門診手術)、檢查、美容、健康檢查、物理及職能復健、語言治療。