因應新冠肺炎疫情，今(109)年綜所稅申報首度將期限延長至6月底，便於納稅義務人在時間內完成申報。除此之外，108年度的綜所稅申報還有4項改變，包括新增長照特別扣除額、薪資所得扣除額的計算方式二擇一、每人基本生活費調高至17萬5千元，以及無謀生能力扶養親屬認定原則放寬等。
經過數年的爭取，108年度綜所稅終於新增長照特別扣除額一項，而長照特別扣除額每人每年定額12萬元。納稅義務人列報配偶或受扶養親屬，只要符合衛生福利部公告須長期照顧的身心失能者，無論是否聘僱外勞、入住長照機構，或是由家人自行照顧，都可以扣除，不須任何憑證。
不過，財政部北區國稅局表示，長照特別扣除額有排富條款，包含適用綜所稅率20％以上、選擇就其申報戶股利及盈餘合計金額按28％稅率分開計算應納稅額，或基本所得額超過規定扣除金額(108年度為670萬元)者，均不適用長照特別扣除的規定。
108年度綜所稅的薪資所得計算也有新制度，可採「核實減除」或「定額減除」，且不分行業類別，均可擇一從優申報。被稱為名模條款的「核實減除」是指自薪資收入中減除符合規定的必要職業專用服裝費、進修訓練費及職業上工具支出費用，但各項費用皆以職業薪資收入3%為上限，且須檢附憑證。
至於，「定額」則是採薪資所得特別扣除上限20萬元計算。安永會計師事務所指出，由於核實計算有上限規定，若年薪收入少於222萬元，建議採定額扣除20萬元方式較為有利。
108年度綜所稅每人基本生活費為17萬5千元，較前一年度提高了4千元。財政部北區國稅局說明，基本生活費是納稅者維持基本生活所需之費用，不得加以課稅，依照財政部公告當年度每人基本生活所需費用，乘以納稅者本人、配偶及受扶養親屬人數計算的基本生活所需費用總額，其超過免稅額、一般扣除額、儲蓄投資、身心障礙、教育學費、幼兒學前及長期照顧特別扣除額合計數部分，得自綜合所得總額中減除，免予課稅。
配合長照特別扣除額的規定，以及納保法的基本生活所需費用不得課稅的規定，財政部放寬解釋「無謀生能力」的認定標準。安永會計師事務所表示，有身體、精神或智能障礙、重大疾病就醫療養等情形，無法自謀生活或無力工作，即屬於無謀生能力，可列報為扶養親屬。
同時，納稅義務人及其配偶未滿60歲的直系親屬原本規定年收入要在免稅額8萬8千元以下，才能列報為受扶養親屬，但放寬規定後則改以基本生活費為標準，年收入少於17萬5千元(108年度)，即可認定為無謀生能力，列報為受扶養親屬。
此外，今年的特殊狀況就是武漢肺炎疫情肆虐，財政部指出，納稅義務人若受到疫情影響，例如個人被減薪、非自願離職、無薪假等情形，不能於規定期間內繳清稅款，可申請延期或分期繳納，不受應納金額限制；稽徵機關受理申請後，將酌情核准延期繳納期限1至12個月，或分期繳納期數2至36期，每期以1個月計算。