新冠肺炎疫情持續延燒，國內居家檢疫與隔離人數遽增，為完善民眾使用防疫旅館的需求，降低社區感染風險，交通部觀光局提出「安心防疫旅館」專案。並訂定防疫旅館相關補助辦法，4月1日至6月30日各縣市提供居家檢疫者入住的合法防疫旅宿，每房每日可補助1,000元。
據瞭解，防疫旅館預算編列沒有訂立上限，將依居家檢疫者的數量來做安排，而目前各縣市防疫旅館房間數已超過5,000房，且仍有2,000多房預計加入，房間數可望破萬房。
中央流行疫情指揮中心表示，為兼顧居家檢疫與隔離者的權益及國內防疫安全，防疫旅館的設置應以獨棟建築、動線分流且「1人1室」為原則；若入住者須照顧者陪同，例如無法自行照料生活，則照顧者以一人為限，並在房間內應配戴口罩。
同時，旅館大門、櫃台、電梯及各樓層出入口等地點須設置消毒液設備，公共區域每天至少清潔一次；房間須可開窗通風，具獨立衛浴與空調設備，房內清潔由入住者自行打理，視聽娛樂設備遙控器或觸控面板應包膜保護，個人清潔用品或餐具則盡量使用一次性消耗品，以減少傳播風險。
防疫旅館須保持門禁，嚴防不相干人士入內，而入住者活動範圍僅能以自己房間為限，未經許可不得任意進出。工作人員應有相關勤前教育，並於勤務期間全程使用口罩，避免與入住者有近距離接觸或交談。
另外，高雄市旅宿業者攜手推出有別於防疫旅館的「親善旅館」，總計已號召108家業者加入，讓檢疫者的家人入住，把住家空間留給返台國人，也拉抬低迷的住房率，憑居家隔離或檢疫通知單，就能以1,000至1,800元不等優惠價入住。