台灣一年進口超過400至500萬公噸的硬質玉米(飼料玉米)，國產自給率僅1.5%。為了增加本土產量，農委會鼓勵農民在休耕時轉種雜糧，其中硬質玉米一公斤9元，比基改玉米一公斤6元還高。但農糧署進行107年國產硬質玉米基因改造成分檢測查驗，發現1件樣品有基改汙染問題，目前已展開溯源追查。
107年度送驗76件樣品中，發現1件來自嘉義縣朴子市樣品有基改汙染問題，兩年前曾被查獲代收玉米摻有基改品種的嘉義朴子農會，再被檢出硬質玉米為基改玉米。農糧署已將相關疑義樣品送驗，深入追查玉米籽實來源，另朴子市農會庫存硬質玉米2百餘噸，也已要求控管相關樣品及存貨。
農糧署表示，目前國內尚未核准種植基改硬質玉米，為與進口玉米區隔，確保國產硬質玉米品質，自106年起訂有年度計畫，於硬質玉米收穫期間，對全國主要產區進行全面留樣抽驗。無論是農民繳交籽實、烘乾廠繳乾籽實，或農會出售籽實，均應留存籽實樣品，以供追蹤追溯。
因進口基改玉米與國產硬質玉米存在價差，為防範不法之徒購買進口玉米繳售賺取價差，推動國產作物非基改不受打擊，農糧署將持續堅守國產作物非基改立場，加強留樣監測。
農糧署指出，絕不容許少數違規個案影響整體農民努力，以維護國產硬質玉米信譽，提升國產農產品特色及品質。為提升國產玉米自給率，鑒於國際價格波動及國內需求量大，將積極輔導農會與農民，以優惠價格給農民契作生產。這次事件暫時不排除農民或者代烘業者，涉嫌混雜進口基改玉米的可能性。