行政院長林全請辭獲准，台南市長賴清德將接任，但有周刊報導，其實在早先蔡英文上任初期，當時就想找陳菊組閣，但沒得到答應，反力挺林全。而在今年6、7月，蔡英文尋找新任閣揆人選時，第一人選也是陳菊，不過花媽仍有她的考量，堅持不北上。
據《壹週刊》報導，林全是政府裡少數可以和蔡英文吵架兼交心之人，對於林全於稅改後辭職，小英心裡早已有數，對於新任閣揆的人選，也早在6月開始徵詢，包含高雄市長陳菊、台南市長賴清德、立法院長蘇嘉全都是口袋名單。
內文提到，陳菊一直與小英關係良好，從政資歷也夠資深，一直都是蔡英文心中的閣揆人選，從一開始蔡政府組閣時，到林全辭職時，都一直未獲陳菊應允。陳菊對蔡英文表示，高雄氣爆之後民眾仍力挺她，她非常感念，因此只想把高雄市政做好，加上她的健康狀況，恐怕不足以應付立法院答詢，但她也提醒蔡，希望能「交給年輕人」。
而對於賴清德辭台南市是長職位，北上接任行政院長，他在記者會裡，正式宣布由市府秘書長李孟諺代理市長，並肯定他的治水專才及協調溝通能力，希望市府團隊繼續向前大步邁進。