兩岸實施小三通17年，其性質從原本的通商、通航和通郵，演變成旅遊型態。為了節省旅費旅程，小三通逐漸成為往返兩岸的捷徑，也有不少旅遊業者及航空公司推出小三通優惠方案。為了提供更便利的通關服務，交通部航港局宣布，自今(1)日起至今(2017)年底止，於南竿福澳港試辦旅客辦理出境通關服務。
「北竿-黃岐」航線自2015年12月24日開航以來，部分旅客由南竿福澳港搭乘航班至北竿白沙港時，須下船辦理出境手續，再搭乘小三通航線航班前往大陸黃岐，常有旅客攜帶大件行李隨行，因多次上下船感到不方便。
航港局評估自今年5月底啟用的南竿福澳港旅運大樓，空間及設備應可滿足「北竿-黃岐」航線旅客辦理出境查驗通關服務的需求，就通關業務及船舶靠泊規畫等進行研議，決議自9月1日起至12月31日止，試辦南竿福澳港本國籍旅客出境查驗通關服務。
航港局表示，為提升「北竿-黃岐」航線服務，協調有關單位同意試辦南竿福澳港旅客辦理出境通關，已提前一天於南竿福澳港旅運大樓，進行實地勘察及演練，確認旅客出境程序及通關、安檢設備，確保旅客享有便利通關服務。並將持續追蹤掌握試辦狀況，採滾動式檢討與調整。
南竿旅客搭乘馬祖小三通「北竿-黃岐」航線時，可直接在南竿辦理通關，船到北竿後，人與行李不用下船，原船直接開到黃岐，對馬祖居民是很便利的措施。不過，回程時返回南竿的旅客仍須在北竿下船，政策挨批是做半套。