北市府同意遠雄進行大巨蛋外的行道樹移植作業引發爭議，臺北市長柯文哲22號回應，目前只同意斷根，最快也是明年才會移，北市體育局則強調，移樹是為了避免周邊淹水，因為這些行道樹是在未來的路型以及排水溝的位置上。
移樹引爭議 柯文哲：目前斷根是做預備動作（王筱慈攝）
臺北市長柯文哲22號赴臺北市議會進行重大bot案進度的專案報告，針對大巨蛋議題，臺北市議員李慶鋒質疑，目前遠雄正在將大巨蛋周邊樹木斷根，護樹團體也持續抗爭，但是大巨蛋尚未進入都審與環評程序，為什麼要同意遠雄斷根？對此柯文哲在議會時回應，移樹需要北市府同意，但他並沒有同意移樹。李慶鋒則痛批柯文哲不誠實，因為斷根就是移樹SOP的其中一步。柯文哲22號下午再被媒體問到相關議題，柯文哲表示，如果遠雄要移樹，也是明年1、2月的事，柯文哲說（原音）
其實現在移樹過程滿複雜，以前樹一移就死掉了，所以標準的移樹過程有SOP，比方說多久以前、要選季節要先斷根，在適當的時間才能夠搬。現在只是做預備動作，也不是現在就要移，這個細節講起來滿複雜，反正就照SOP走。斷根也不一定要移樹，要移也是明年1、2月的事。問題是現在如果不斷根，到時候不能移，因為要提早斷根，到明年把樹移走時種下去才會活，如果移樹時直接把根剪斷，移過去就會死翹翹。
另外臺北市體育局則解釋，為避免遇豪大雨或颱風造成周邊地區淹水，所以都發局依據臺北高等行政法院裁定，同意BOT廠商先行報備施作「防災維護工程項目」中「防洪排水系統」。同時因應大巨蛋將來人潮集散以及車流量的交通需求，所以基地兩側路輻未來必須拓寬，這些行道樹剛好位在未來路型及排水溝的位置，所以必須移植行道樹。目前施作的行道樹移植工程並非是停工項目，所以沒有違反停工處分。北市府也提到，5月15號開始斷根作業以來，時常遇到「護樹」志工翻越圍籬侵入工區，以肉身阻擋機具干擾人員作業，因此統計到22號為止，只完成3棵楓香斷根作業。