日本腦炎者可能會出現急性神經症狀，如發燒、頭痛、意識障礙、嘔吐、頸部僵硬、抽筋、肌張力異常、腦膜刺激症狀及精神症狀（譫妄、意識不清）等，嚴重者可能導致死亡，致死率達20-30％，感染日本腦炎容易遺留嚴重的神經性或精神性後遺症。日本腦炎目前尚無治療藥物，疫苗接種是最有效的預防方法，通常小孩及老人感染後較容易發生臨床症狀，目前整年提供疫苗接種，年滿15個月的幼兒，應接受2劑注射，兩劑間隔2週，隔年再接種一劑，滿5歲以上之兒童則於入國小前再追加接種一劑；成人若有接種需求，亦可自費接種。
臺南市政府衛生局呼籲，預防日本腦炎個人防護措施不能少，只要在外出及居家環境多一份留心，即可避免感染相關疾病，儘量避免在病媒蚊活動的高峰期，就是黃昏至黎明時分於豬舍、其他動物畜舍或病媒蚊孳生地點附近活動，在戶外活動時請穿著淺色長袖衣褲，避免蚊子叮咬，或使用衛生福利部核可之防蚊藥劑，家中的門窗安裝紗門紗窗，或於起居室使用蚊帳。
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