依「國立故宮博物院組織法」，目前故宮設置院長1人，副院長2人。民進黨立委陳明文、陳亭妃等人認為，故宮南院已經正式營運，但故宮相關組織架構卻未配合調整，南部院區僅設置由1位處長進行管理，明顯矮化南部院區的地位，為落實南北院區的平衡地位，因此擬向法制委員會提案，建議副院長改制為3人，1人為常任文官，2人為政務派任，並由其中1位副院長駐地專責管理故宮南部院區。
故宮院長林正儀今天(10日)在立法院教育文化委員會回覆相關問題時，並未對增設1名副院長專管南院表達支持或反對，但透露行政院人事總處並不贊成，而他的立場是故宮南院規模確實龐大，目前常務副院長仍懸缺，待補齊人選後，再由常務副院長常駐故宮南院。林正儀說：『(原音)就以南院這一部分，我們其實也了解到，這是政府這麼重要、大規模的博物館建設，是近十幾年最大規模，所以我們未來一定會派一位副院長到邊進駐。』
不過，也因為要常駐故宮南院，很多人並不願意，林正儀坦言目前人選還在尋覓中。
國民黨立委柯志恩則表示，故宮南院現任處長掌管南院事務已經處理得相當好，何須多增設1名副院長，實質功能在哪？且若故宮管理不佳，多一位副院長也沒有用，因此身為在野黨，一定會嚴格監督。