依「傳染病防治法」及「港埠檢疫規則」，船舶入境前4至72小時應向疾管署申辦審查檢疫，去年(2016年)船舶審查檢疫數共35,132艘。疾管署指出，船舶審查檢疫作業線上化後，只要船舶上沒有健康異常或衛生異常狀況，航商業者即可透過航港局「航港單一窗口」(http://www.mtnet.gov.tw/)」完成線上申辦船舶審查檢疫，約5分鐘系統就會自動核發線上檢疫准單，航商業者不須再親赴疾管署檢疫櫃檯辦理。
疾管署表示，本服務也提供網路/實體ATM轉帳、金融機構匯款、便利超商繳款等多元繳費管道，也可讓業者減少往返港區臨櫃申辦繳款的時間。