媒體報導指出，有人質疑出問題的蛋源至今尚未查明，是因接受政府委託檢測的成大環境微量毒物研究中心，並不知道農委會推出了在蛋箱上貼有QR Code的產銷履歷制度，在檢測時沒有掃描記錄。
身兼成大環境微量毒物研究中心主任的成功大學主任秘書李俊璋表示，農委會在今年2月才開始實施蛋箱貼QR Code的政策；但全國的畜牧場眾多，市面上還有很多雞蛋是小農自行生產，政策無法在短時間內貫徹到每一個環節。
李俊璋表示，如果QR Code制度完備，發現問題的當下就能追溯源頭。但在這次的事件中，兩天之內就追查到批發商上游的3家供貨商，相關的檢驗現正進行中；成大負責雞蛋和飼料的檢測，結果預計在28日前會出爐。
他說，農委會推動的QR Code產銷履歷是好的制度，但在短時間內要生產端、大小批發商、市場端都能配合，很難做到盡善盡美。與其現在來苛責是否因這個制度有沒有推好，不如關心行政機關是不是能趕快把污染源找出來比較重要。