中研院表示，當初唐獎草創之際，由中研院協助辦理評選工作，第一、二屆舉辦下來，頗受好評，顯示基金會運作日漸成熟穩定，加上國際學術界的重要獎項，包括沃爾夫獎(The Wolf Prize)、日本獎(The Japan Prize)、京都獎(The Kyoto Prize)等，均有獨立的評選制度。中研院認為，唐獎基金會已有能力獨立運作。
中研院強調，與唐獎基金會並非「終止」合約，而是加訂臨時條款，暫停雙方合作關係，由唐獎基金會自行試辦第三屆評選，待結束後雙方將會檢討，是否繼續由中研院辦理評選工作，或由唐獎自辦，雙方還是有保留合作的彈性空間。因此，依據雙方簽署的補充協定，中研院返還106年度的委任費用新台幣1千萬元及唐獎辦公室租金收入。
中研院也指出，有關唐獎評選工作，中研院雖未承辦評選工作，但廖俊智院長鼓勵中研院院士及非院士的研究人員以個人身分參與，並樂見其成。