台菲漁業協商項目中，目前最大爭議就是菲律賓「鄰接區」水域的漁民作業與官方執法問題，我方堅定主張「鄰接區」水域是台灣專屬經濟海域，但菲方也堅持要在「鄰接區」內執法。
因此，外交部提醒，由於協商尚未取得共識，在這個水域作業的風險依然存在，外交部亞太司司長陳文儀說：『(原音)雙方對於菲律賓主張鄰接區內執法議題達成共識前，我們漁民進入相關區域作業，還是有相當的風險。』
外交部強調，已促請農委會漁業署持續向漁民宣導，並請海巡署持續依法護漁，以確保台灣漁民的合法作業權益。
台菲在2015年11月5日簽署漁業執法合作協定之後，至今已舉行過3次「技術工作小組」會議，可是針對菲律賓主張「鄰接區」執法，以及台灣漁船無害通過菲國領海的方式等議題，雙方歧見始終未能化解。