對此，陸委會表示，自事件發生後，府院高層即指示各有關部門，採取一切必要措施與各種可行管道協處本案，並與家屬及相關團體保持緊密聯繫。
陸委會指出，中國大陸須正視並嚴肅面對我NGO團體共同聲援李明哲的行動，深刻理解台灣人民對人權保障的信念與堅持，也應理解多年來NGO團體對兩岸關係發展的重大貢獻，須確保兩岸NGO組織可以在自由無懼的環境下，為兩岸和平貢獻心力。
陸委會強調，本案受國際社會高度關注，呼籲北京當局應盡速釐清事實，並積極回應我方及家屬的各項訴求，圓滿化解爭議，避免影響當前複雜敏感的兩岸關係。