民進黨前黨工李明哲因「涉嫌從事危害國家安全活動」，被中國大陸有關部門拘留調查中，外界質疑，大陸未在第一時間通報台灣，是否凸顯兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議未將「國安問題」列入通報的漏洞。
對此，法務部次長陳明堂30日在立法院司法法制委員會受訪時表示，法務部認為「人身自由受限制」就有通報義務；但大陸認為「行政拘留」不算正式逮捕，因此沒有通報，兩岸有認知上的差異，會繼續與陸方溝通，爭取只要台灣人民行動自由受限，就要通報。陳明堂說：『(原音)大陸說雖然不是正式的逮捕，但以我們的立場我們反應過，這個事實上人身個人自由已經受到某種程度限制，不一定要到看守所，目前還沒到看守所，拘留在什麼地方是拘留場所，在這情況下，希望大陸跟台灣間可以進一步取得溝通跟共識，只要有這種行動自由限制，就要通報我們。』
陳明堂也表示，法務部先前透過兩岸共打機制，以電話詢問李明哲案，但公安部當時宣稱沒有資料；在大陸國台辦證實李明哲正在大陸時，法務部則已再度發函要求公安部說明，但目前仍未獲得答覆。
至於外界質疑，可能因台灣日前偵辦「陸生共諜案」，大陸也因此抓了人權工作者做為報復？陳明堂說，沒這個訊息，抓共諜是用刑事犯罪處理；但大陸的體制與台灣不同，如何處理李明哲案，兩岸還需加強溝通。