不過，全案因行政院版草案指相關資訊「不受相關法律保密規定之限制」，引起時代力量籍立法委員黃國昌、中國國民黨籍立委林德福等人質疑是否有個人資料無法保密問題，法務部也有意見，及多名立委希望協定應有「平等互惠」原則，應載明對方國家不提供資訊時，台灣方面也可不提供資訊。全案提報院會前，須經黨團協商。
財政部長許虞哲報告時表示，為利於台灣與美國簽署外國帳戶稅收遵從法（FATCA）跨政府合作協定（IGA）生效後，與美方進行雙向資訊交換等，面對國際日益提升的資訊透明標準，保障台灣稅基、維護租稅公平及善盡國際義務，台灣應與其他國家、地區簽訂包括資訊交換及其他稅務協助的全面性租稅協定、稅務資訊交換協定，或其他稅務合作協定，以執行資訊交換。
根據初審通過草案內容，包括授權財政部本互惠原則，可與外國政府或國際組織商定稅務用途資訊交換及相互提供其他稅務協助，報行政院核准後，以外交換文方式為之，並依商定事項，可以執行財產、所得、營業、納稅、金融帳戶或其他稅務資訊個案、自動及自發資訊交換。
初審通過草案中還規定，相關機構、團體或個人應就金融帳戶資訊進行盡職審查或其他審查後提供，且不受相關法律保密規定限制。
初審通過草案規定，不配合、妨礙、規避提供資訊者，可處3000元以上、30萬元以下罰鍰；相關機構、團體或個人，未依規定就金融帳戶資訊進行盡職審查或其他審查者，可處20萬元以上、1000萬元以下罰鍰。
會議主席、民進黨籍立委王榮璋說，有關保密規定限制，在行政院版草案完全空白授權，朝野立委認為條文中應明確指出不受限制範圍。
他說，協商討論時朝野立委也認為，一定要基於互惠條件，才提供資訊，相關內容應入法。全案預計最快2週內召開協商。